65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_R0065 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_R0065    100 
 
 		 363 bp  720    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    95.33 
 
 		 362 bp  563  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    94.77 
 
 		 363 bp  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    95.33 
 
 		 362 bp  563  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    95.33 
 
 		 363 bp  563  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    95.05 
 
 		 363 bp  555  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    95.05 
 
 		 363 bp  555  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  95.05 
 
 		 363 bp  555  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    94.49 
 
 		 363 bp  553  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    94.49 
 
 		 363 bp  553  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    94.49 
 
 		 363 bp  553  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    94.21 
 
 		 362 bp  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    94.21 
 
 		 363 bp  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    92.84 
 
 		 362 bp  505  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    92.56 
 
 		 362 bp  498  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    91.41 
 
 		 360 bp  462  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    91.21 
 
 		 364 bp  452  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  91.21 
 
 		 364 bp  452  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    98.67 
 
 		 380 bp  422  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    90.71 
 
 		 380 bp  281  7e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    89.92 
 
 		 364 bp  153  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    88.15 
 
 		 367 bp  133  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    91.58 
 
 		 353 bp  125  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  87.41 
 
 		 367 bp  125  9e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    94.52 
 
 		 352 bp  113  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    94.52 
 
 		 356 bp  113  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    87.07 
 
 		 356 bp  111  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    87.07 
 
 		 353 bp  111  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    89.47 
 
 		 355 bp  109  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    89.47 
 
 		 355 bp  109  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    89.47 
 
 		 355 bp  109  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    93.15 
 
 		 353 bp  105  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    93.15 
 
 		 355 bp  105  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    93.15 
 
 		 355 bp  105  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    93.15 
 
 		 355 bp  105  9e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    86.21 
 
 		 355 bp  103  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    91.78 
 
 		 355 bp  97.6  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    95.24 
 
 		 351 bp  93.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    90.41 
 
 		 354 bp  89.7  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    86.67 
 
 		 354 bp  83.8  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  88.57 
 
 		 350 bp  75.8  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0569  sRNA  88.89 
 
 		 375 bp  69.9  0.0000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0494255  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    94.87 
 
 		 355 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    96.88 
 
 		 359 bp  56  0.000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    96.88 
 
 		 378 bp  56  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    96.88 
 
 		 377 bp  56  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    92.5 
 
 		 361 bp  56  0.000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    96.88 
 
 		 359 bp  56  0.000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0024    90.7 
 
 		 361 bp  54  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0715243  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  94.12 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    96.67 
 
 		 384 bp  52  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0032    96.67 
 
 		 376 bp  52  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    96.67 
 
 		 376 bp  52  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0063    100 
 
 		 351 bp  52  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000276637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    94.12 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0005    96.55 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    88.64 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    88.64 
 
 		 330 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0006    93.75 
 
 		 348 bp  48.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    93.75 
 
 		 371 bp  48.1  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0046  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0014    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0045    93.55 
 
 		 403 bp  46.1  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000694892 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    96.3 
 
 		 354 bp  46.1  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    91.43 
 
 		 358 bp  46.1  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>