72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4254 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A4223    100 
 
 		 364 bp  722    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 364 bp  722    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    91.21 
 
 		 363 bp  452  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    90.98 
 
 		 363 bp  434  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    90.96 
 
 		 362 bp  432  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    90.96 
 
 		 362 bp  432  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    90.71 
 
 		 363 bp  426  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  90.71 
 
 		 363 bp  426  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    90.71 
 
 		 363 bp  426  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    90.38 
 
 		 362 bp  420  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    89.84 
 
 		 362 bp  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    89.86 
 
 		 363 bp  406  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    89.86 
 
 		 363 bp  406  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    89.59 
 
 		 363 bp  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    89.59 
 
 		 363 bp  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    89.59 
 
 		 363 bp  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    89.01 
 
 		 362 bp  381  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    88.67 
 
 		 360 bp  369  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    85.83 
 
 		 380 bp  305  5.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    91.59 
 
 		 380 bp  297  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    91.18 
 
 		 367 bp  151  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  90.44 
 
 		 367 bp  143  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    88.46 
 
 		 364 bp  123  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    87.39 
 
 		 353 bp  101  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    87.18 
 
 		 356 bp  97.6  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    87.18 
 
 		 353 bp  97.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    86.55 
 
 		 355 bp  93.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    86.55 
 
 		 355 bp  93.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    86.55 
 
 		 355 bp  93.7  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    86.32 
 
 		 355 bp  89.7  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    90.41 
 
 		 356 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    90.41 
 
 		 352 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    86.11 
 
 		 351 bp  79.8  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    85.95 
 
 		 360 bp  75.8  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    89.04 
 
 		 353 bp  73.8  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    89.04 
 
 		 355 bp  73.8  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    89.04 
 
 		 355 bp  73.8  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    89.04 
 
 		 355 bp  73.8  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    93.48 
 
 		 354 bp  67.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    87.69 
 
 		 392 bp  65.9  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    87.67 
 
 		 355 bp  65.9  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    87.5 
 
 		 391 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    87.5 
 
 		 398 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    100 
 
 		 384 bp  63.9  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0569  sRNA  87.3 
 
 		 375 bp  61.9  0.0000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0494255  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    100 
 
 		 384 bp  60  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    87.1 
 
 		 389 bp  60  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    100 
 
 		 384 bp  60  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    86.15 
 
 		 389 bp  58  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    86.3 
 
 		 354 bp  58  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    96.97 
 
 		 390 bp  58  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  96.97 
 
 		 352 bp  58  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  96.88 
 
 		 387 bp  56  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0033    92.5 
 
 		 355 bp  56  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    92.5 
 
 		 362 bp  56  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    92.31 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    92.31 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0024    90.7 
 
 		 361 bp  54  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0715243  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    96.67 
 
 		 354 bp  52  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    94.12 
 
 		 366 bp  52  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    96.67 
 
 		 363 bp  52  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0069    94.12 
 
 		 369 bp  52  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0342844  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0040  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0421069 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0017  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156836  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    96.43 
 
 		 354 bp  48.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0092    91.67 
 
 		 361 bp  48.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.320994 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    93.75 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    89.74 
 
 		 361 bp  46.1  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    89.74 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>