55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0045 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0045    100 
 
 		 403 bp  799    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000694892 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0050    87.59 
 
 		 403 bp  387  1e-105  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0060    90 
 
 		 403 bp  270  2.9999999999999995e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0017    88.33 
 
 		 400 bp  230  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0014    100 
 
 		 370 bp  61.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    96.88 
 
 		 358 bp  56  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  96.77 
 
 		 356 bp  54  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    96.77 
 
 		 356 bp  54  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0024    94.29 
 
 		 360 bp  54  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0122296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0047    96.67 
 
 		 344 bp  52  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0013    94.12 
 
 		 355 bp  52  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  96.67 
 
 		 365 bp  52  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0033    96.55 
 
 		 352 bp  50.1  0.0005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0018    93.94 
 
 		 367 bp  50.1  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0712105  normal  0.309951 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    96.55 
 
 		 355 bp  50.1  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0048    93.94 
 
 		 365 bp  50.1  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000306243  normal  0.0564215 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_SetmRNA1  sRNA  93.75 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    93.55 
 
 		 358 bp  46.1  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    93.55 
 
 		 330 bp  46.1  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    93.55 
 
 		 351 bp  46.1  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    93.55 
 
 		 362 bp  46.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    93.55 
 
 		 380 bp  46.1  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    93.55 
 
 		 351 bp  46.1  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0014    93.55 
 
 		 384 bp  46.1  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0019    93.55 
 
 		 373 bp  46.1  0.008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    93.55 
 
 		 362 bp  46.1  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    93.55 
 
 		 359 bp  46.1  0.008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    93.55 
 
 		 367 bp  46.1  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0045    93.55 
 
 		 374 bp  46.1  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105672  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    91.43 
 
 		 369 bp  46.1  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    93.55 
 
 		 362 bp  46.1  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    91.43 
 
 		 369 bp  46.1  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    91.43 
 
 		 369 bp  46.1  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    91.43 
 
 		 369 bp  46.1  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    91.43 
 
 		 370 bp  46.1  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>