63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0050 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  100 
 
 		 365 bp  724    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0018    89.15 
 
 		 366 bp  137  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0019    86.14 
 
 		 368 bp  89.7  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.70554  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0023    97.83 
 
 		 371 bp  83.8  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000931822  normal  0.479767 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    86.46 
 
 		 371 bp  79.8  0.0000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0066    93.88 
 
 		 370 bp  65.9  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.658787  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20280    81.3 
 
 		 370 bp  61.9  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.901931  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    100 
 
 		 358 bp  60  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0046    83.15 
 
 		 370 bp  58  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.6957  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0016    85.07 
 
 		 383 bp  54  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0050    96.77 
 
 		 403 bp  54  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    100 
 
 		 425 bp  54  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    96.77 
 
 		 330 bp  54  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    96.77 
 
 		 351 bp  54  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    96.77 
 
 		 351 bp  54  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0014    96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    96.77 
 
 		 358 bp  54  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0060    96.67 
 
 		 403 bp  52  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0045    96.67 
 
 		 403 bp  52  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000694892 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0014    96.67 
 
 		 384 bp  52  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0019    96.67 
 
 		 373 bp  52  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0045    96.67 
 
 		 374 bp  52  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105672  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0027    96.67 
 
 		 351 bp  52  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0806  hypothetical protein  96.67 
 
 		 1224 bp  52  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0050    96.55 
 
 		 362 bp  50.1  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0033    96.55 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0017    96.55 
 
 		 400 bp  50.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    91.67 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    91.67 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0025    86.54 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.511345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    100 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    93.55 
 
 		 378 bp  46.1  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    100 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    100 
 
 		 357 bp  46.1  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0047    93.55 
 
 		 344 bp  46.1  0.007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    100 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    93.55 
 
 		 356 bp  46.1  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    100 
 
 		 367 bp  46.1  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    100 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    100 
 
 		 405 bp  46.1  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    100 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    100 
 
 		 405 bp  46.1  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    100 
 
 		 356 bp  46.1  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    93.55 
 
 		 377 bp  46.1  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    91.43 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    100 
 
 		 358 bp  46.1  0.007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    100 
 
 		 361 bp  46.1  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000645582  hitchhiker  0.00000000139269 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000368729  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  93.55 
 
 		 356 bp  46.1  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    100 
 
 		 354 bp  46.1  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    100 
 
 		 352 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    93.55 
 
 		 384 bp  46.1  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000693037  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    100 
 
 		 358 bp  46.1  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    100 
 
 		 357 bp  46.1  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    100 
 
 		 349 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    91.43 
 
 		 363 bp  46.1  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    100 
 
 		 356 bp  46.1  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>