20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0060 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0060    100 
 
 		 403 bp  799    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0017    87.1 
 
 		 400 bp  347  1e-93  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0050    90.79 
 
 		 403 bp  291  8e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0045    90 
 
 		 403 bp  270  2.9999999999999995e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000694892 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0014    100 
 
 		 370 bp  60  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    97.06 
 
 		 358 bp  60  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    96.67 
 
 		 359 bp  52  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    96.67 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  96.67 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    96.67 
 
 		 359 bp  52  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0047    96.67 
 
 		 344 bp  52  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  96.67 
 
 		 365 bp  52  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0033    96.55 
 
 		 352 bp  50.1  0.0005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    96.55 
 
 		 355 bp  50.1  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    93.94 
 
 		 354 bp  50.1  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0018    93.55 
 
 		 367 bp  46.1  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0712105  normal  0.309951 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0024    93.55 
 
 		 360 bp  46.1  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0122296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0019    93.55 
 
 		 371 bp  46.1  0.008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00441187  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0013    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0806  hypothetical protein  93.55 
 
 		 1224 bp  46.1  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>