54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0033 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0033    100 
 
 		 354 bp  702    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    90.72 
 
 		 362 bp  121  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    89.69 
 
 		 360 bp  113  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    90 
 
 		 362 bp  107  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    90 
 
 		 363 bp  107  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    90 
 
 		 362 bp  107  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    90 
 
 		 363 bp  107  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    90 
 
 		 362 bp  99.6  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    90 
 
 		 363 bp  99.6  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    90 
 
 		 363 bp  99.6  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  90 
 
 		 363 bp  99.6  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    88.89 
 
 		 363 bp  99.6  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    88.89 
 
 		 363 bp  99.6  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    88.89 
 
 		 363 bp  99.6  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    90 
 
 		 363 bp  99.6  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    90 
 
 		 362 bp  99.6  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    86.67 
 
 		 363 bp  83.8  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    89.19 
 
 		 364 bp  83.8  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    100 
 
 		 362 bp  79.8  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    89.71 
 
 		 380 bp  79.8  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    86.81 
 
 		 367 bp  77.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  86.36 
 
 		 367 bp  71.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    82.76 
 
 		 356 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    82.76 
 
 		 355 bp  71.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    85.37 
 
 		 355 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  93.48 
 
 		 364 bp  67.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    85.37 
 
 		 355 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    85.37 
 
 		 355 bp  67.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    93.48 
 
 		 364 bp  67.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    83.19 
 
 		 353 bp  65.9  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    85 
 
 		 353 bp  63.9  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    95 
 
 		 361 bp  63.9  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    81.9 
 
 		 354 bp  63.9  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    86.08 
 
 		 380 bp  61.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    94.87 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    94.87 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    93.02 
 
 		 351 bp  61.9  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    94.74 
 
 		 367 bp  60  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0092    96.97 
 
 		 361 bp  58  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.320994 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0033    92.5 
 
 		 355 bp  56  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  85.07 
 
 		 350 bp  54  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    92.31 
 
 		 355 bp  54  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0569  sRNA  96.67 
 
 		 375 bp  52  0.0001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0494255  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0060    93.94 
 
 		 403 bp  50.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    96.55 
 
 		 377 bp  50.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    83.56 
 
 		 355 bp  50.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    96.55 
 
 		 378 bp  50.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    96.55 
 
 		 376 bp  50.1  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0032    96.55 
 
 		 376 bp  50.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    96.55 
 
 		 384 bp  50.1  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    83.33 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0005    96.3 
 
 		 356 bp  46.1  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0050    91.43 
 
 		 362 bp  46.1  0.007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>