50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_R0075 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_R0075    100 
 
 		 351 bp  696    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    87.22 
 
 		 352 bp  180  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    86.34 
 
 		 355 bp  165  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    86.34 
 
 		 353 bp  165  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    86.34 
 
 		 355 bp  165  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    86.34 
 
 		 355 bp  165  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    93.33 
 
 		 356 bp  159  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    93.81 
 
 		 355 bp  153  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    90.77 
 
 		 354 bp  147  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    85.78 
 
 		 356 bp  137  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    84.83 
 
 		 355 bp  127  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    84.14 
 
 		 353 bp  125  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    95.24 
 
 		 363 bp  93.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    95.24 
 
 		 380 bp  93.7  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    83.19 
 
 		 355 bp  91.7  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    83.19 
 
 		 355 bp  91.7  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    83.19 
 
 		 355 bp  91.7  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    87.04 
 
 		 353 bp  87.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    93.65 
 
 		 362 bp  85.7  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    93.65 
 
 		 362 bp  85.7  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    93.65 
 
 		 363 bp  85.7  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    93.65 
 
 		 362 bp  85.7  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  86.11 
 
 		 364 bp  79.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    86.11 
 
 		 364 bp  79.8  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    92.06 
 
 		 360 bp  77.8  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    97.78 
 
 		 362 bp  73.8  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    95.56 
 
 		 362 bp  65.9  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  89.47 
 
 		 350 bp  65.9  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  87.5 
 
 		 367 bp  63.9  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    86.08 
 
 		 364 bp  61.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    93.02 
 
 		 354 bp  61.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0018    100 
 
 		 367 bp  58  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0712105  normal  0.309951 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0048    100 
 
 		 365 bp  58  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000306243  normal  0.0564215 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0024    100 
 
 		 360 bp  58  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0122296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0013    100 
 
 		 355 bp  58  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    85.94 
 
 		 380 bp  56  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0018  tmRNA, 10Sa RNA  100 
 
 		 355 bp  50.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000501526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0033    90.24 
 
 		 355 bp  50.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    84.38 
 
 		 367 bp  48.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0026    89.74 
 
 		 351 bp  46.1  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00225362  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0069    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0342844  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0067    100 
 
 		 349 bp  46.1  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000820138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>