60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0100 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0100    100 
 
 		 353 bp  700    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    90.65 
 
 		 355 bp  430  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    90.65 
 
 		 355 bp  430  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    90.37 
 
 		 355 bp  422  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    85.39 
 
 		 353 bp  256  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    84.27 
 
 		 355 bp  224  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    84.27 
 
 		 355 bp  224  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    84.27 
 
 		 355 bp  224  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    84.27 
 
 		 353 bp  224  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    83.99 
 
 		 356 bp  216  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    83.43 
 
 		 355 bp  200  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    82.87 
 
 		 356 bp  184  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    81.74 
 
 		 355 bp  153  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    81.74 
 
 		 352 bp  145  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    89.34 
 
 		 354 bp  139  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    88.98 
 
 		 362 bp  131  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    88.98 
 
 		 363 bp  131  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    88.98 
 
 		 363 bp  131  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    91 
 
 		 380 bp  127  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    91.58 
 
 		 363 bp  125  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    88.98 
 
 		 362 bp  123  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    88.98 
 
 		 363 bp  123  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    88.14 
 
 		 363 bp  123  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    88.14 
 
 		 363 bp  123  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    88.14 
 
 		 363 bp  123  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    88.98 
 
 		 362 bp  123  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  88.98 
 
 		 363 bp  123  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    88.98 
 
 		 363 bp  123  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    88.98 
 
 		 363 bp  123  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    88.14 
 
 		 360 bp  123  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    87.29 
 
 		 362 bp  115  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    86.44 
 
 		 362 bp  107  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  87.39 
 
 		 364 bp  101  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    87.39 
 
 		 364 bp  101  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    87.04 
 
 		 351 bp  87.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    83.9 
 
 		 364 bp  83.8  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0033    95.35 
 
 		 355 bp  69.9  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  84.62 
 
 		 350 bp  69.9  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    95.24 
 
 		 380 bp  67.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    83.19 
 
 		 354 bp  65.9  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0063    96.97 
 
 		 351 bp  58  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000276637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0024    94.44 
 
 		 361 bp  56  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0715243  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  92.5 
 
 		 352 bp  56  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0012    96.88 
 
 		 351 bp  56  0.000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    84.34 
 
 		 367 bp  54  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  84.34 
 
 		 367 bp  54  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2226    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.575678  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0006    96.67 
 
 		 348 bp  52  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    96.67 
 
 		 363 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  96.67 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    96.67 
 
 		 362 bp  52  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  96.67 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    93.94 
 
 		 361 bp  50.1  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    93.94 
 
 		 358 bp  50.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    93.75 
 
 		 354 bp  48.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    93.75 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    93.55 
 
 		 352 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    93.55 
 
 		 371 bp  46.1  0.007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    93.55 
 
 		 349 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    93.55 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>