35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0016 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0016    100 
 
 		 354 bp  702    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  89.27 
 
 		 352 bp  391  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  98.57 
 
 		 73 bp  131  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    90 
 
 		 391 bp  115  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    90 
 
 		 398 bp  115  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    90 
 
 		 389 bp  115  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    82.58 
 
 		 392 bp  107  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  82.02 
 
 		 387 bp  99.6  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    81.46 
 
 		 390 bp  91.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0024    100 
 
 		 361 bp  63.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0715243  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    87.1 
 
 		 389 bp  60  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    96.97 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    96.88 
 
 		 354 bp  56  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    94.29 
 
 		 360 bp  54  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0052    100 
 
 		 392 bp  54  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  96.67 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    96.67 
 
 		 362 bp  52  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    96.67 
 
 		 362 bp  52  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    96.67 
 
 		 366 bp  52  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    96.67 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    100 
 
 		 361 bp  52  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    96.67 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    96.67 
 
 		 380 bp  52  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0056    90.24 
 
 		 354 bp  50.1  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.517652  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0056    90.24 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    93.75 
 
 		 353 bp  48.1  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    90 
 
 		 361 bp  48.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    91.43 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    91.43 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    91.43 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>