42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0012 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0012    100 
 
 		 359 bp  712    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    91.38 
 
 		 361 bp  75.8  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    86.59 
 
 		 384 bp  75.8  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    85.71 
 
 		 378 bp  71.9  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    85.37 
 
 		 384 bp  67.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0032    85.37 
 
 		 376 bp  67.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    85.71 
 
 		 357 bp  65.9  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    85.71 
 
 		 360 bp  65.9  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    85.71 
 
 		 357 bp  65.9  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    85.71 
 
 		 360 bp  65.9  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    87.93 
 
 		 367 bp  60  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    87.93 
 
 		 362 bp  60  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  96.97 
 
 		 352 bp  58  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    96.97 
 
 		 398 bp  58  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    96.97 
 
 		 391 bp  58  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    96.97 
 
 		 390 bp  58  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    96.97 
 
 		 392 bp  58  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  96.97 
 
 		 387 bp  58  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    94.44 
 
 		 384 bp  56  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0074    96.88 
 
 		 358 bp  56  0.000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312491  normal  0.744934 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    96.77 
 
 		 354 bp  54  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    96.77 
 
 		 389 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    92.11 
 
 		 377 bp  52  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    100 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0049    96.55 
 
 		 360 bp  50.1  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    85.96 
 
 		 376 bp  50.1  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    93.75 
 
 		 364 bp  48.1  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    93.75 
 
 		 380 bp  48.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 		 364 bp  48.1  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 		 367 bp  48.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0032    93.75 
 
 		 377 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    93.75 
 
 		 366 bp  48.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0069    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0342844  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    93.75 
 
 		 389 bp  48.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0012    93.75 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0050    93.55 
 
 		 353 bp  46.1  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00374528  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    93.55 
 
 		 371 bp  46.1  0.007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  93.55 
 
 		 350 bp  46.1  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  91.43 
 
 		 356 bp  46.1  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>