27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_R0098 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_R0098    100 
 
 
398 bp  789    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    93.73 
 
 
389 bp  589  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    89.47 
 
 
392 bp  436  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  88.22 
 
 
387 bp  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    95.32 
 
 
391 bp  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    88.94 
 
 
390 bp  260  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  83.65 
 
 
352 bp  143  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    90 
 
 
354 bp  115  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  93.94 
 
 
73 bp  99.6  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    90.62 
 
 
389 bp  79.8  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    89.06 
 
 
362 bp  71.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    87.5 
 
 
380 bp  63.9  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    87.5 
 
 
362 bp  63.9  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    87.5 
 
 
364 bp  63.9  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  87.5 
 
 
364 bp  63.9  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    96.97 
 
 
359 bp  58  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    96.97 
 
 
384 bp  58  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    96.88 
 
 
366 bp  56  0.000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    96.77 
 
 
384 bp  54  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    96.77 
 
 
384 bp  54  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    96.67 
 
 
360 bp  52  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    96.67 
 
 
364 bp  52  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    93.94 
 
 
361 bp  50.1  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 
367 bp  48.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0007    93.75 
 
 
356 bp  48.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000338261  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0074    93.75 
 
 
358 bp  48.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312491  normal  0.744934 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    90 
 
 
360 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>