60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0373 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 367 bp  728    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    87.53 
 
 		 367 bp  347  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    83.61 
 
 		 364 bp  218  8e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    87.28 
 
 		 360 bp  161  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    86.13 
 
 		 363 bp  145  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    86.13 
 
 		 362 bp  145  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    86.13 
 
 		 362 bp  145  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    86.13 
 
 		 363 bp  145  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    90.44 
 
 		 364 bp  143  3.9999999999999997e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  90.44 
 
 		 364 bp  143  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    85.55 
 
 		 363 bp  137  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    85.55 
 
 		 363 bp  137  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    85.55 
 
 		 362 bp  137  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    85.55 
 
 		 363 bp  137  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    85.55 
 
 		 363 bp  129  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    85.55 
 
 		 362 bp  129  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    85.55 
 
 		 363 bp  129  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    85.55 
 
 		 362 bp  129  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    85.55 
 
 		 363 bp  129  6e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  86.25 
 
 		 363 bp  127  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    87.41 
 
 		 363 bp  125  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    92 
 
 		 380 bp  93.7  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    86.36 
 
 		 354 bp  71.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    86.75 
 
 		 355 bp  69.9  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    86.75 
 
 		 355 bp  69.9  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    86.75 
 
 		 355 bp  69.9  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    87.5 
 
 		 351 bp  63.9  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    95 
 
 		 362 bp  63.9  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    94.87 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    94.87 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    100 
 
 		 363 bp  60  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    85.19 
 
 		 353 bp  58  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    85.19 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 75 bp  58  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    85.19 
 
 		 355 bp  58  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    96.88 
 
 		 384 bp  56  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0092    94.44 
 
 		 361 bp  56  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.320994 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    91.67 
 
 		 355 bp  56  0.000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    96.88 
 
 		 380 bp  56  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    89.36 
 
 		 360 bp  54  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    84.34 
 
 		 353 bp  54  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    96.67 
 
 		 384 bp  52  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0069    94.12 
 
 		 369 bp  52  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0342844  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    96.67 
 
 		 384 bp  52  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    92.11 
 
 		 367 bp  52  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    93.94 
 
 		 392 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0017  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156836  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  93.94 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    93.94 
 
 		 390 bp  50.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0024    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0122296  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  83.82 
 
 		 350 bp  48.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  93.75 
 
 		 387 bp  48.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0033    90 
 
 		 355 bp  48.1  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    90 
 
 		 361 bp  48.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    93.75 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    93.75 
 
 		 398 bp  48.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    93.75 
 
 		 391 bp  48.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0018    93.55 
 
 		 367 bp  46.1  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0712105  normal  0.309951 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0013    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>