32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0041 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0041    100 
 
 
384 bp  761    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    84.38 
 
 
384 bp  285  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    84.38 
 
 
384 bp  270  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0036    84.36 
 
 
356 bp  226  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    83.29 
 
 
384 bp  216  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    86.55 
 
 
376 bp  141  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    86.96 
 
 
377 bp  129  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0032    85.62 
 
 
376 bp  119  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    85.62 
 
 
378 bp  119  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    95.24 
 
 
356 bp  67.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    95.24 
 
 
358 bp  67.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    100 
 
 
362 bp  60  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    100 
 
 
364 bp  60  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    100 
 
 
380 bp  60  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 
364 bp  60  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    100 
 
 
364 bp  60  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    100 
 
 
360 bp  60  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    100 
 
 
362 bp  60  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    94.44 
 
 
359 bp  56  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  96.77 
 
 
352 bp  54  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  96.77 
 
 
73 bp  54  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    96.77 
 
 
391 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    96.77 
 
 
398 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  96.77 
 
 
387 bp  54  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    96.77 
 
 
389 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    96.77 
 
 
354 bp  54  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    96.77 
 
 
390 bp  54  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    96.77 
 
 
392 bp  54  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  96.67 
 
 
367 bp  52  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    91.67 
 
 
361 bp  48.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    100 
 
 
366 bp  46.1  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    100 
 
 
389 bp  46.1  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>