42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3830 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3830  sRNA  100 
 
 		 350 bp  694    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    85.47 
 
 		 356 bp  97.6  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    83.76 
 
 		 355 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    83.76 
 
 		 353 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    94.23 
 
 		 360 bp  79.8  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    88.57 
 
 		 363 bp  75.8  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    88.57 
 
 		 380 bp  75.8  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    83.64 
 
 		 355 bp  75.8  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    83.64 
 
 		 355 bp  75.8  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    83.64 
 
 		 355 bp  75.8  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    95.65 
 
 		 362 bp  75.8  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    92.31 
 
 		 362 bp  71.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    92.31 
 
 		 362 bp  71.9  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    92.31 
 
 		 362 bp  71.9  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    92.31 
 
 		 363 bp  71.9  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    88.06 
 
 		 356 bp  69.9  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    88.06 
 
 		 352 bp  69.9  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    84.62 
 
 		 353 bp  69.9  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    93.48 
 
 		 362 bp  67.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    89.47 
 
 		 351 bp  65.9  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    86.57 
 
 		 355 bp  61.9  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    86.57 
 
 		 355 bp  61.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    86.57 
 
 		 355 bp  61.9  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    86.57 
 
 		 354 bp  61.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    86.57 
 
 		 355 bp  61.9  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    86.57 
 
 		 353 bp  61.9  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    92.5 
 
 		 380 bp  56  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    96.88 
 
 		 361 bp  56  0.000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    85.07 
 
 		 354 bp  54  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  83.82 
 
 		 367 bp  48.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    93.55 
 
 		 359 bp  46.1  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0024    89.74 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0122296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0032    93.55 
 
 		 377 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0012    93.55 
 
 		 351 bp  46.1  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>