74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_R0025 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_R0025    100 
 
 		 362 bp  718    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    96.13 
 
 		 362 bp  607  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    92.56 
 
 		 363 bp  498  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    92.29 
 
 		 362 bp  482  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    92.29 
 
 		 362 bp  482  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    92.29 
 
 		 363 bp  482  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    94.64 
 
 		 363 bp  478  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    94.64 
 
 		 363 bp  478  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  92.01 
 
 		 363 bp  474  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    91.44 
 
 		 363 bp  472  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    91.39 
 
 		 360 bp  468  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    91.16 
 
 		 363 bp  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    91.16 
 
 		 363 bp  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    91.16 
 
 		 362 bp  464  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    90.88 
 
 		 363 bp  456  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    90.88 
 
 		 363 bp  456  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    90.38 
 
 		 364 bp  420  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  90.38 
 
 		 364 bp  420  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    88.42 
 
 		 380 bp  391  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    90.71 
 
 		 380 bp  274  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    86.15 
 
 		 367 bp  157  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    89.92 
 
 		 364 bp  153  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  86.13 
 
 		 367 bp  145  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    87.29 
 
 		 353 bp  115  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    87.07 
 
 		 356 bp  111  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    87.07 
 
 		 353 bp  111  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    86.44 
 
 		 355 bp  107  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    86.44 
 
 		 355 bp  107  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    86.44 
 
 		 355 bp  107  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    90 
 
 		 354 bp  107  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    91.25 
 
 		 355 bp  103  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    90.41 
 
 		 356 bp  89.7  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    90.41 
 
 		 352 bp  89.7  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    89.04 
 
 		 355 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    89.04 
 
 		 355 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    89.04 
 
 		 353 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    89.04 
 
 		 355 bp  81.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    100 
 
 		 354 bp  73.8  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    97.78 
 
 		 351 bp  73.8  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    100 
 
 		 355 bp  73.8  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0092    100 
 
 		 361 bp  71.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.320994 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  93.48 
 
 		 350 bp  67.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    87.5 
 
 		 398 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    87.5 
 
 		 391 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    95 
 
 		 362 bp  63.9  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    87.5 
 
 		 392 bp  63.9  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    100 
 
 		 384 bp  63.9  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    94.87 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    94.87 
 
 		 359 bp  61.9  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    87.1 
 
 		 389 bp  60  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    100 
 
 		 384 bp  60  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    100 
 
 		 384 bp  60  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    96.88 
 
 		 390 bp  56  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  96.88 
 
 		 352 bp  56  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  96.88 
 
 		 387 bp  56  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    100 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    100 
 
 		 330 bp  54  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    100 
 
 		 351 bp  54  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0027    100 
 
 		 351 bp  54  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    92.31 
 
 		 355 bp  54  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    96.67 
 
 		 354 bp  52  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  96.55 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    100 
 
 		 367 bp  50.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0017  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156836  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    93.75 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    93.75 
 
 		 366 bp  48.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0069    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0342844  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    90 
 
 		 361 bp  48.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    93.75 
 
 		 389 bp  48.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0033    90 
 
 		 355 bp  48.1  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0421069 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0569  sRNA  84.13 
 
 		 375 bp  46.1  0.007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0494255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>