75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0032 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0032    100 
 
 		 356 bp  706    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    95.77 
 
 		 355 bp  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    94.65 
 
 		 355 bp  553  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    88.73 
 
 		 354 bp  379  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    88.39 
 
 		 352 bp  367  1e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    89.04 
 
 		 353 bp  359  2.9999999999999997e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    87.99 
 
 		 355 bp  331  8e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    87.99 
 
 		 355 bp  331  8e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    87.99 
 
 		 355 bp  331  8e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    87.92 
 
 		 353 bp  327  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    86.55 
 
 		 356 bp  311  6.999999999999999e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    86.55 
 
 		 355 bp  303  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    86.27 
 
 		 355 bp  295  4e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    86.27 
 
 		 355 bp  295  4e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    82.87 
 
 		 353 bp  184  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0075    85.78 
 
 		 351 bp  137  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    88.79 
 
 		 362 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    88.79 
 
 		 363 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    88.79 
 
 		 363 bp  127  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    88.79 
 
 		 362 bp  119  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    88.79 
 
 		 363 bp  119  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    87.93 
 
 		 363 bp  119  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    88.79 
 
 		 363 bp  119  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    87.93 
 
 		 363 bp  119  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    87.93 
 
 		 363 bp  119  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  88.79 
 
 		 363 bp  119  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    88.79 
 
 		 363 bp  119  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    88.79 
 
 		 362 bp  119  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    87.93 
 
 		 360 bp  119  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    87.07 
 
 		 363 bp  111  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    89 
 
 		 380 bp  111  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    87.07 
 
 		 362 bp  111  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    86.21 
 
 		 362 bp  103  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    89.13 
 
 		 364 bp  103  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3830  sRNA  85.47 
 
 		 350 bp  97.6  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.069746  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  87.18 
 
 		 364 bp  97.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    87.18 
 
 		 364 bp  97.6  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0033    97.56 
 
 		 355 bp  73.8  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    82.76 
 
 		 354 bp  71.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    95.24 
 
 		 380 bp  67.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  85.19 
 
 		 367 bp  58  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    92.68 
 
 		 359 bp  58  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    85.19 
 
 		 367 bp  58  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    92.68 
 
 		 359 bp  58  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  96.88 
 
 		 364 bp  56  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  96.88 
 
 		 356 bp  56  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    96.88 
 
 		 362 bp  56  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0006    96.77 
 
 		 348 bp  54  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    96.77 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    93.94 
 
 		 361 bp  50.1  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2226    96.55 
 
 		 360 bp  50.1  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.575678  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0063    96.55 
 
 		 351 bp  50.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000276637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  93.94 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    90.24 
 
 		 355 bp  50.1  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0049  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.319274  normal  0.459063 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0023    93.55 
 
 		 371 bp  46.1  0.007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000931822  normal  0.479767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0016    93.55 
 
 		 384 bp  46.1  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000497382  normal  0.186928 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    93.55 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    93.55 
 
 		 352 bp  46.1  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    93.55 
 
 		 425 bp  46.1  0.007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    93.55 
 
 		 361 bp  46.1  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0092    91.43 
 
 		 361 bp  46.1  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.320994 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>