87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0038 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0038    100 
 
 		 360 bp  714    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1939  hypothetical protein  100 
 
 		 168 bp  172  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.617381  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0032    91.96 
 
 		 377 bp  151  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    92.78 
 
 		 349 bp  137  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    88.46 
 
 		 352 bp  127  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    100 
 
 		 361 bp  65.9  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    97.22 
 
 		 351 bp  63.9  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    100 
 
 		 425 bp  63.9  0.00000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    100 
 
 		 360 bp  63.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    100 
 
 		 361 bp  63.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    100 
 
 		 369 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    100 
 
 		 369 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    100 
 
 		 405 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    100 
 
 		 405 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    100 
 
 		 369 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    100 
 
 		 358 bp  61.9  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    100 
 
 		 369 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    100 
 
 		 360 bp  61.9  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    100 
 
 		 356 bp  60  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    97.06 
 
 		 358 bp  60  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    100 
 
 		 354 bp  60  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    96.97 
 
 		 359 bp  58  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  96.97 
 
 		 364 bp  58  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    96.97 
 
 		 351 bp  58  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20280    96.97 
 
 		 370 bp  58  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.901931  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    96.97 
 
 		 330 bp  58  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  96.97 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0035    96.97 
 
 		 370 bp  58  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.451039  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    96.97 
 
 		 360 bp  58  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    96.97 
 
 		 360 bp  58  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    96.97 
 
 		 367 bp  58  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    96.97 
 
 		 360 bp  58  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    96.97 
 
 		 362 bp  58  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    96.88 
 
 		 357 bp  56  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    96.88 
 
 		 358 bp  56  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    96.88 
 
 		 357 bp  56  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0018    96.88 
 
 		 366 bp  56  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0019    96.77 
 
 		 373 bp  54  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0045    96.77 
 
 		 374 bp  54  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105672  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0014    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0036    94.29 
 
 		 360 bp  54  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.143842  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0027    96.77 
 
 		 351 bp  54  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0055    96.67 
 
 		 373 bp  52  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.108579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0066    96.67 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.658787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  94.12 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0016    96.67 
 
 		 383 bp  52  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.24704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2226    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.575678  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0046    96.67 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.6957  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    94.12 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0806  hypothetical protein  96.67 
 
 		 1224 bp  52  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    96.67 
 
 		 356 bp  52  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0050    93.94 
 
 		 360 bp  50.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0012    93.94 
 
 		 351 bp  50.1  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0043    93.75 
 
 		 350 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    93.75 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0032    83.33 
 
 		 390 bp  48.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.63277  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    93.75 
 
 		 355 bp  48.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    93.75 
 
 		 355 bp  48.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  48.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    93.75 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    93.75 
 
 		 371 bp  48.1  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    93.75 
 
 		 355 bp  48.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0036    93.75 
 
 		 350 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0009  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  48.1  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0006    93.75 
 
 		 348 bp  48.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0043    93.75 
 
 		 350 bp  48.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0024    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0673797  decreased coverage  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    93.55 
 
 		 358 bp  46.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0063    93.55 
 
 		 351 bp  46.1  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000276637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    93.55 
 
 		 353 bp  46.1  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0050    93.55 
 
 		 353 bp  46.1  0.007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00374528  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  100 
 
 		 365 bp  46.1  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0045    93.55 
 
 		 354 bp  46.1  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0058    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0844616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>