43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0055 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0055    100 
 
 		 373 bp  739    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.108579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    100 
 
 		 358 bp  60  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0016    96.97 
 
 		 373 bp  58  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.179772  decreased coverage  0.000124265 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    100 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0080    94.44 
 
 		 397 bp  56  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.195542  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    96.77 
 
 		 361 bp  54  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  96.77 
 
 		 370 bp  54  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20280    96.67 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.901931  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    96.67 
 
 		 405 bp  52  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    96.67 
 
 		 357 bp  52  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    96.67 
 
 		 352 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    96.67 
 
 		 425 bp  52  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    96.67 
 
 		 357 bp  52  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    96.67 
 
 		 405 bp  52  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    96.67 
 
 		 367 bp  52  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    96.67 
 
 		 359 bp  52  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    96.67 
 
 		 361 bp  52  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    100 
 
 		 358 bp  50.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    96.55 
 
 		 358 bp  50.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    96.55 
 
 		 354 bp  50.1  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    96.55 
 
 		 349 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    96.55 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0041    91.43 
 
 		 369 bp  46.1  0.007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0806  hypothetical protein  93.55 
 
 		 1224 bp  46.1  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0016    93.55 
 
 		 384 bp  46.1  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000497382  normal  0.186928 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>