82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0023 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0023    100 
 
 		 367 bp  728    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    96.92 
 
 		 362 bp  113  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    95.45 
 
 		 360 bp  107  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    95.45 
 
 		 360 bp  107  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    95.38 
 
 		 357 bp  105  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    95.38 
 
 		 357 bp  105  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    93.94 
 
 		 360 bp  99.6  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    93.85 
 
 		 361 bp  97.6  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    89.39 
 
 		 358 bp  75.8  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    89.06 
 
 		 356 bp  71.9  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    89.66 
 
 		 378 bp  67.9  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    95.12 
 
 		 360 bp  65.9  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    95.12 
 
 		 405 bp  65.9  0.000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    95.12 
 
 		 405 bp  65.9  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    89.29 
 
 		 376 bp  63.9  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20280    100 
 
 		 370 bp  63.9  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.901931  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0032    89.29 
 
 		 376 bp  63.9  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    88.14 
 
 		 370 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    87.93 
 
 		 359 bp  60  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    94.74 
 
 		 354 bp  60  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    94.74 
 
 		 377 bp  60  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    96.97 
 
 		 360 bp  58  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    94.59 
 
 		 361 bp  58  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  94.44 
 
 		 356 bp  56  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    96.88 
 
 		 361 bp  56  0.000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    96.88 
 
 		 352 bp  56  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    96.88 
 
 		 359 bp  56  0.000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    90.91 
 
 		 369 bp  56  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    96.88 
 
 		 425 bp  56  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    96.88 
 
 		 354 bp  56  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    96.88 
 
 		 370 bp  56  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    96.88 
 
 		 360 bp  56  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  94.29 
 
 		 364 bp  54  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    96.77 
 
 		 369 bp  54  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    96.77 
 
 		 356 bp  54  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    96.77 
 
 		 363 bp  54  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    96.77 
 
 		 371 bp  54  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    92.11 
 
 		 367 bp  52  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    96.67 
 
 		 349 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    96.67 
 
 		 358 bp  52  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0016    96.67 
 
 		 384 bp  52  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000497382  normal  0.186928 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  92.11 
 
 		 367 bp  52  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    92.11 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0055    96.67 
 
 		 373 bp  52  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.108579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0052    88 
 
 		 392 bp  52  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    94.12 
 
 		 363 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    100 
 
 		 362 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    100 
 
 		 363 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    100 
 
 		 363 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    100 
 
 		 363 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    100 
 
 		 362 bp  50.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    100 
 
 		 362 bp  50.1  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    93.94 
 
 		 358 bp  50.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    100 
 
 		 363 bp  50.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    100 
 
 		 363 bp  50.1  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    100 
 
 		 362 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 363 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    100 
 
 		 362 bp  50.1  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    100 
 
 		 360 bp  50.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0092    100 
 
 		 361 bp  50.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.320994 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    93.75 
 
 		 330 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0035    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.451039  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    91.67 
 
 		 384 bp  48.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    93.75 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    93.75 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0027    100 
 
 		 351 bp  46.1  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  100 
 
 		 365 bp  46.1  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0045    93.55 
 
 		 374 bp  46.1  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105672  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    93.55 
 
 		 358 bp  46.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0010  tRNA-OTHER  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498226  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0014    93.55 
 
 		 384 bp  46.1  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0019    93.55 
 
 		 373 bp  46.1  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0018    100 
 
 		 366 bp  46.1  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>