60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0014 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0014    100 
 
 		 356 bp  706    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    96.63 
 
 		 358 bp  611  1e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    89.38 
 
 		 360 bp  121  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    87.61 
 
 		 360 bp  105  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    87.61 
 
 		 357 bp  105  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    87.61 
 
 		 357 bp  105  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    85.23 
 
 		 360 bp  71.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    89.06 
 
 		 367 bp  71.9  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    95.24 
 
 		 384 bp  67.9  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0032    97.37 
 
 		 376 bp  67.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    95.24 
 
 		 384 bp  67.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    97.37 
 
 		 376 bp  67.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    97.37 
 
 		 378 bp  67.9  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    95.24 
 
 		 384 bp  67.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    97.37 
 
 		 377 bp  67.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    89.29 
 
 		 369 bp  63.9  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    94.87 
 
 		 384 bp  61.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    84.81 
 
 		 362 bp  61.9  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  94.87 
 
 		 356 bp  61.9  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    94.87 
 
 		 405 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    94.87 
 
 		 405 bp  61.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0036    94.74 
 
 		 356 bp  60  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129143  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    87.1 
 
 		 361 bp  60  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0055    100 
 
 		 373 bp  58  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.108579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    96.88 
 
 		 360 bp  56  0.000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0042    96.88 
 
 		 354 bp  56  0.000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.396552  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0056    94.29 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0057    96.77 
 
 		 356 bp  54  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    96.77 
 
 		 360 bp  54  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    96.67 
 
 		 425 bp  52  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0045    96.67 
 
 		 349 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.858368  normal  0.0337314 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    96.67 
 
 		 352 bp  52  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    85.48 
 
 		 369 bp  52  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0003    96.67 
 
 		 358 bp  52  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.162726  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    85.48 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    96.67 
 
 		 361 bp  52  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20280    96.67 
 
 		 370 bp  52  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.901931  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    85.48 
 
 		 369 bp  52  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    96.55 
 
 		 369 bp  50.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    96.55 
 
 		 361 bp  50.1  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    96.55 
 
 		 358 bp  50.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    96.55 
 
 		 370 bp  50.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  93.75 
 
 		 364 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2226    91.67 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.575678  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    93.55 
 
 		 363 bp  46.1  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    100 
 
 		 351 bp  46.1  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    100 
 
 		 351 bp  46.1  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    100 
 
 		 330 bp  46.1  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0027    100 
 
 		 351 bp  46.1  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  100 
 
 		 365 bp  46.1  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0018    100 
 
 		 366 bp  46.1  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>