64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0006 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0006    100 
 
 		 348 bp  690    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0063    89.06 
 
 		 351 bp  71.9  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000276637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0119    94.44 
 
 		 355 bp  56  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31717 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  96.88 
 
 		 356 bp  56  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0116    94.44 
 
 		 355 bp  56  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.798208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  96.88 
 
 		 364 bp  56  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0119    94.44 
 
 		 355 bp  56  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    96.88 
 
 		 362 bp  56  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0050    94.44 
 
 		 356 bp  56  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.255833  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0044    96.77 
 
 		 355 bp  54  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0032    96.77 
 
 		 356 bp  54  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0037    96.77 
 
 		 355 bp  54  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0020    96.77 
 
 		 355 bp  54  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0668776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0042    94.12 
 
 		 352 bp  52  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2226    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.575678  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0100    96.67 
 
 		 353 bp  52  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    91.89 
 
 		 367 bp  50.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0026    96.55 
 
 		 353 bp  50.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0025    96.55 
 
 		 353 bp  50.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GstmRNA1  sRNA  86.15 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0117994  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0005    96.55 
 
 		 356 bp  50.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0019    90.24 
 
 		 352 bp  50.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.103312 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0016    93.94 
 
 		 355 bp  50.1  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0038    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.272329  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0005    93.75 
 
 		 425 bp  48.1  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193634  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    93.75 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0026    93.75 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.73285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0030    93.75 
 
 		 361 bp  48.1  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540536  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    93.75 
 
 		 359 bp  48.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    93.75 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    93.75 
 
 		 380 bp  48.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    93.75 
 
 		 362 bp  48.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    93.75 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3005  sRNA  93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    93.55 
 
 		 405 bp  46.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    93.55 
 
 		 405 bp  46.1  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tmRNA1  10Sa RNA  93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    93.55 
 
 		 371 bp  46.1  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0001    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2584  sRNA  93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0032    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0495012 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0032    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0507829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0020    93.55 
 
 		 361 bp  46.1  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0054    93.55 
 
 		 369 bp  46.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.413577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1628  sRNA  93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0060    93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    100 
 
 		 355 bp  46.1  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0016    93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0189  sRNA  93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2956  10Sa RNA (tmRNA)  93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0034    93.55 
 
 		 360 bp  46.1  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0241117  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0958  10Sa RNA (tmRNA)  93.55 
 
 		 370 bp  46.1  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.455203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>