36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0012 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0012    100 
 
 		 384 bp  761    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    86.23 
 
 		 384 bp  321  7.999999999999999e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    84.38 
 
 		 384 bp  270  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    82.34 
 
 		 384 bp  202  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0036    82.58 
 
 		 356 bp  190  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129143  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    87.04 
 
 		 378 bp  123  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0032    87.04 
 
 		 376 bp  123  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    80.53 
 
 		 377 bp  121  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    86.13 
 
 		 376 bp  121  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    95.24 
 
 		 356 bp  67.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    85.37 
 
 		 359 bp  67.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    95.24 
 
 		 358 bp  67.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    100 
 
 		 364 bp  63.9  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    100 
 
 		 380 bp  63.9  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  100 
 
 		 364 bp  63.9  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    100 
 
 		 362 bp  63.9  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    100 
 
 		 362 bp  63.9  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    100 
 
 		 364 bp  60  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    100 
 
 		 360 bp  60  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    96.97 
 
 		 391 bp  58  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  96.97 
 
 		 352 bp  58  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    96.97 
 
 		 392 bp  58  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    96.97 
 
 		 398 bp  58  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    96.97 
 
 		 390 bp  58  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  96.97 
 
 		 387 bp  58  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  96.88 
 
 		 367 bp  56  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    96.77 
 
 		 389 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    96.77 
 
 		 354 bp  54  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    92.11 
 
 		 361 bp  52  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0017  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156836  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0069    93.75 
 
 		 369 bp  48.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0342844  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    93.75 
 
 		 366 bp  48.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    93.75 
 
 		 389 bp  48.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0421069 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>