28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_RNA65 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_RNA65    100 
 
 		 392 bp  777    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  94.63 
 
 		 387 bp  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    91.86 
 
 		 391 bp  504  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0096    90.38 
 
 		 389 bp  466  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    89.47 
 
 		 398 bp  436  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    88.8 
 
 		 390 bp  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  88.1 
 
 		 352 bp  218  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    82.58 
 
 		 354 bp  107  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  94.03 
 
 		 73 bp  101  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    90.77 
 
 		 389 bp  81.8  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    89.06 
 
 		 362 bp  71.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    87.69 
 
 		 364 bp  65.9  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  87.69 
 
 		 364 bp  65.9  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    87.5 
 
 		 380 bp  63.9  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    87.5 
 
 		 362 bp  63.9  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    96.97 
 
 		 359 bp  58  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    96.97 
 
 		 384 bp  58  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    96.88 
 
 		 366 bp  56  0.000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    96.67 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    94.12 
 
 		 361 bp  52  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0373  10Sa RNA (tmRNA)  93.94 
 
 		 367 bp  50.1  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0007    93.75 
 
 		 356 bp  48.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000338261  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0074    93.75 
 
 		 358 bp  48.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312491  normal  0.744934 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    86.27 
 
 		 363 bp  46.1  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    86.27 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>