More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0028 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0028  tolQ protein  100 
 
 		 225 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0957491  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0206  MotA/TolQ/ExbB proton channel  81.78 
 
 		 224 aa  384  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000366729  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  84.44 
 
 		 224 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3510  protein TolQ  80.44 
 
 		 224 aa  353  7.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0310094  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3579  protein TolQ  80 
 
 		 224 aa  351  5e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3326  MotA/TolQ/ExbB proton channel  76 
 
 		 223 aa  333  1e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.589276  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1239  MotA/TolQ/ExbB proton channel  75.56 
 
 		 223 aa  332  4e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3473  protein TolQ  74.89 
 
 		 227 aa  327  8e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2978  TolQ protein  62.73 
 
 		 223 aa  255  4e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0662  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.46 
 
 		 247 aa  225  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0697  protein TolQ  56.46 
 
 		 257 aa  224  7e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.553708  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0696  protein TolQ  56.46 
 
 		 257 aa  224  7e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0706  Tol-Pal system TolQ  56.37 
 
 		 245 aa  218  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.199813  normal  0.496524 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0136  protein TolQ  49.77 
 
 		 232 aa  211  5.999999999999999e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0752  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.05 
 
 		 268 aa  194  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00339966  normal  0.664237 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0856  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.03 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.339673  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0471  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.58 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.564154  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.29 
 
 		 235 aa  181  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0785  protein TolQ  42.6 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0555571  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1391  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000787618  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.3 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.169266  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0245  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.74 
 
 		 235 aa  169  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2119  Tol-Pal system TolQ  44.5 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.145493  normal  0.278172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1274  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.39 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232758  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1588  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.34 
 
 		 243 aa  169  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.16518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2567  Tol-Pal system TolQ  44.59 
 
 		 229 aa  168  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576197  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0895  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.53 
 
 		 229 aa  169  5e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000627927  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1854  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.14 
 
 		 229 aa  168  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0235502  normal  0.794171 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1728  tolQ protein  42.41 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2213  Tol-Pal system TolQ  50 
 
 		 240 aa  166  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000350133  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3090  colicin uptake protein TolQ  42.73 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4056  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.19 
 
 		 225 aa  165  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.73 
 
 		 229 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0123133  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2342  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.33 
 
 		 224 aa  165  5e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.105576 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1246  colicin uptake protein TolQ  42.73 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1276  colicin uptake protein TolQ  42.79 
 
 		 224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000244479  hitchhiker  0.000166082 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1394  colicin uptake protein TolQ  43.24 
 
 		 228 aa  164  9e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00123539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2871  colicin uptake protein TolQ  43.24 
 
 		 228 aa  164  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018196  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2959  colicin uptake protein TolQ  43.24 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0410151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2734  protein TolQ  43.24 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1604  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.92 
 
 		 228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00156809  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1235  colicin uptake protein TolQ  42.79 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0719257  normal  0.246715 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1907  ExbB/TolQ family protein  45.41 
 
 		 220 aa  162  3e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1219  biopolymer transport protein TolQ  42.6 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4199  protein TolQ  42.6 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1782  protein TolQ  42.92 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000921899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1248  Tol-Pal system, TolQ  42.6 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.216384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2905  colicin uptake protein TolQ  41.89 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1739  Tol-Pal system TolQ  42.92 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000243293  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1153  colicin uptake protein TolQ  41.07 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3996  protein TolQ  42.6 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2541  protein TolQ  42.92 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000245733  hitchhiker  0.00000309411 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51750  TolQ protein  42.6 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.438505  hitchhiker  0.0000223597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4539  TolQ protein  42.6 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2364  protein TolQ  43.64 
 
 		 231 aa  162  6e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.501441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0142  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.44 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0683  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.73 
 
 		 231 aa  161  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303112  normal  0.112554 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.47 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000915639  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0747  protein TolQ  48.72 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.277913  normal  0.181202 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2534  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.47 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101898  normal  0.114902 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2371  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.47 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00211275  normal  0.155674 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2443  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.47 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000858501  normal  0.237078 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2232  TolQ protein  41.51 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1226  tolQ protein  40.18 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369592  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2214  MotA/TolQ/ExbB proton channel  39.46 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1761  TolQ protein  40 
 
 		 237 aa  159  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0413  TolQ  40 
 
 		 237 aa  159  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0635098  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2941  protein TolQ  40.18 
 
 		 236 aa  159  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1432  tolQ protein  42.79 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136252  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2209  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.99 
 
 		 231 aa  159  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4405  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.7 
 
 		 221 aa  159  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0344768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3975  tolQ protein  41.26 
 
 		 231 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0234616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1412  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.26 
 
 		 231 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0108204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2954  transmembrane protein/ biopolymer transport  41.01 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0172322  normal  0.721905 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0563  protein TolQ  41.74 
 
 		 230 aa  158  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.533269  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2751  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.01 
 
 		 228 aa  158  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1376  tolQ protein  40.09 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0482994  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1214  protein TolQ  43.18 
 
 		 238 aa  158  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01607  hypothetical protein  39.73 
 
 		 232 aa  157  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2191  Tol-Pal system TolQ  40.91 
 
 		 226 aa  157  9e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000779627  normal  0.358656 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2078  tolQ protein  40.09 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1946  tolQ protein  40.09 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3253  tolQ protein  40.09 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2664  tolQ protein  40.09 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0830  tolQ protein  40.09 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.09 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.923457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3200  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  40.09 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.949255  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1459  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.82 
 
 		 229 aa  157  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00757308  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2164  protein TolQ  48.13 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.23408  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0585  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.45 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127539  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2902  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.72 
 
 		 238 aa  155  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0078158  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2452  protein TolQ  46 
 
 		 225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0725  protein TolQ  40.62 
 
 		 230 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.750364  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0862  protein TolQ  41.1 
 
 		 231 aa  154  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000829474  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0803  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.72 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2584  protein TolQ  43.72 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.922054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1702  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.34 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0354123  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0772  protein TolQ  43.72 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0681  protein TolQ  40.18 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.458824  normal  0.677661 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0320  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.72 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>