194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1227 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4846  malate synthase G  62.87 
 
 		 725 aa  910    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000255535  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02844  malate synthase  56.91 
 
 		 723 aa  827    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.378071  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0188  malate synthase G  61.64 
 
 		 732 aa  869    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0225011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0721  malate synthase G  56.91 
 
 		 723 aa  827    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0384  malate synthase G  62.31 
 
 		 725 aa  904    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000233918  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0356  malate synthase G  62.87 
 
 		 725 aa  911    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.030638  normal  0.507972 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1228  malate synthase G  55.99 
 
 		 722 aa  829    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4874  malate synthase G  53.72 
 
 		 729 aa  794    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.26841  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1648  malate synthase G  63.06 
 
 		 728 aa  915    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.777381  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3189  malate synthase G  62.79 
 
 		 724 aa  872    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0480  malate synthase G  61.47 
 
 		 725 aa  905    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0169498  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3559  malate synthase G  59 
 
 		 725 aa  843    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0410584  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4700  malate synthase G  62.03 
 
 		 725 aa  906    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658249  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1643  malate synthase G  56.18 
 
 		 734 aa  824    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0049939  unclonable  0.00000183387 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2183  malate synthase G  61.35 
 
 		 731 aa  857    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2765  malate synthase G  61.21 
 
 		 741 aa  862    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5183  malate synthase G  61.63 
 
 		 725 aa  902    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000254657  normal  0.0797853 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1980  malate synthase G  70.86 
 
 		 738 aa  1024    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.213518  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0029  malate synthase G  62.92 
 
 		 724 aa  871    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1174  malate synthase G  58.78 
 
 		 728 aa  816    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2061  malate synthase G  61.74 
 
 		 724 aa  834    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1325  malate synthase G  59.8 
 
 		 721 aa  812    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6396  malate synthase G  63.04 
 
 		 724 aa  885    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3986  malate synthase G  62.47 
 
 		 723 aa  902    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1395  malate synthase G  61.94 
 
 		 724 aa  883    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.528165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0885  malate synthase G  61.25 
 
 		 714 aa  826    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1845  malate synthase G  69.8 
 
 		 712 aa  988    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.771636  normal  0.0205845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3581  malate synthase G  59.19 
 
 		 752 aa  845    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4022  malate synthase G  60.53 
 
 		 720 aa  868    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.17876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4517  malate synthase G  61.81 
 
 		 737 aa  868    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.214466 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2223  malate synthase G  62.76 
 
 		 724 aa  880    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0057  malate synthase G  64.97 
 
 		 726 aa  943    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1375  malate synthase G  61.67 
 
 		 724 aa  883    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3154  malate synthase G  60.98 
 
 		 742 aa  862    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.147151  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3565  malate synthase G  61.34 
 
 		 727 aa  876    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1878  malate synthase G  56.18 
 
 		 734 aa  817    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00162992  unclonable  0.000109363 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4166  malate synthase G  61.98 
 
 		 734 aa  872    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0711  malate synthase G  74.2 
 
 		 709 aa  1089    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.579741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1935  malate synthase G  63.78 
 
 		 697 aa  875    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5190  malate synthase G  63.06 
 
 		 724 aa  872    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2817  malate synthase G  60.06 
 
 		 731 aa  860    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6970  malate synthase G  57.84 
 
 		 725 aa  770    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.965318 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1213  malate synthase G  54.75 
 
 		 724 aa  785    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.262695  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3915  malate synthase G  65.65 
 
 		 732 aa  942    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1646  malate synthase G  62 
 
 		 729 aa  895    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3652  malate synthase G  61.92 
 
 		 734 aa  870    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133135  normal  0.022073 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3137  malate synthase G  60.28 
 
 		 731 aa  855    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.4547  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4942  malate synthase G  62.92 
 
 		 724 aa  865    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.242263  normal  0.0678242 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06290  malate synthase G  63.8 
 
 		 725 aa  929    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120712  normal  0.263623 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4697  malate synthase G  61.53 
 
 		 724 aa  889    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5669  malate synthase G  63.06 
 
 		 724 aa  873    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0263911 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4566  malate synthase G  63.19 
 
 		 724 aa  875    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0556492 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4051  malate synthase G  70.46 
 
 		 715 aa  1004    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2302  malate synthase G  60.36 
 
 		 725 aa  850    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2861  malate synthase G  60.06 
 
 		 731 aa  860    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0303  malate synthase G  53.54 
 
 		 722 aa  756    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3097  malate synthase G  60.91 
 
 		 734 aa  860    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.181909  normal  0.261467 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1843  malate synthase G  63.57 
 
 		 726 aa  917    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.327608  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2263  malate synthase G  57.93 
 
 		 729 aa  817    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0408  malate synthase G  62.11 
 
 		 766 aa  861    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3683  malate synthase G  62.67 
 
 		 730 aa  885    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0338  malate synthase G  61.21 
 
 		 733 aa  845    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.536058 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1635  malate synthase G  59.83 
 
 		 742 aa  834    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2247  malate synthase G  61.33 
 
 		 727 aa  876    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.109783  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2236  malate synthase G  60.5 
 
 		 725 aa  869    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.105215  decreased coverage  0.000237571 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0690  malate synthase G  70.3 
 
 		 719 aa  1018    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0699  malate synthase G  57.56 
 
 		 737 aa  766    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.702879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0665  malate synthase G  61.35 
 
 		 730 aa  855    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275076 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2844  malate synthase G  60.06 
 
 		 731 aa  858    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.507688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0725  malate synthase G  56.91 
 
 		 723 aa  827    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3367  malate synthase G  60.85 
 
 		 738 aa  863    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.685838 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1898  malate synthase G  61.76 
 
 		 727 aa  863    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.305447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1280  malate synthase G  58.45 
 
 		 737 aa  806    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3079  malate synthase G  70.03 
 
 		 719 aa  1013    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0370164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1977  malate synthase G  62.9 
 
 		 724 aa  885    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2043  malate synthase G  58.95 
 
 		 724 aa  859    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0199  malate synthase G  64.13 
 
 		 725 aa  915    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.648714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4096  malate synthase G  64.22 
 
 		 725 aa  927    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6610  malate synthase G  62.41 
 
 		 726 aa  877    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1243  malate synthase G  63.98 
 
 		 722 aa  891    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6991  malate synthase G  62.22 
 
 		 720 aa  892    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1595  malate synthase G  63.06 
 
 		 728 aa  917    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3838  malate synthase G  62.66 
 
 		 719 aa  852    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257334  normal  0.113159 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0382  malate synthase G  62.87 
 
 		 725 aa  909    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00104347  normal  0.679688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1672  malate synthase G  58.73 
 
 		 734 aa  841    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000252573  normal  0.892333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11866  malate synthase G  60.2 
 
 		 735 aa  845    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012691  normal  0.330613 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3270  malate synthase G  65.19 
 
 		 724 aa  939    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1179  malate synthase G  54.81 
 
 		 729 aa  780    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0585  malate synthase G  63.25 
 
 		 725 aa  922    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.231144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2351  malate synthase G  60.58 
 
 		 724 aa  859    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000773408  decreased coverage  0.000000281065 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1269  malate synthase G  63 
 
 		 728 aa  910    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1717  malate synthase G  62.46 
 
 		 720 aa  829    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.919271  normal  0.134071 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5495  malate synthase G  62.92 
 
 		 724 aa  865    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000434681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01324  malate synthase G  58.53 
 
 		 731 aa  830    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4252  malate synthase G  66.67 
 
 		 723 aa  947    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.158916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3148  malate synthase G  56.91 
 
 		 723 aa  827    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3253  malate synthase G  56.77 
 
 		 723 aa  822    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3435  malate synthase G  56.77 
 
 		 723 aa  825    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3129  malate synthase G  61.52 
 
 		 727 aa  852    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.936124  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1227  malate synthase G  100 
 
 		 724 aa  1465    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.233385 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>