More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1010 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3945  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  85.47 
 
 		 413 aa  728    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.651175 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1010  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 413 aa  858    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.425395 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.42 
 
 		 387 aa  211  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.58 
 
 		 387 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.79 
 
 		 388 aa  196  7e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  31.85 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.77 
 
 		 402 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  30.63 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.17 
 
 		 403 aa  178  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  30.83 
 
 		 382 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.93 
 
 		 384 aa  177  4e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  30.48 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.22 
 
 		 403 aa  172  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  31 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.48 
 
 		 400 aa  171  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  29.71 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  28.35 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.4 
 
 		 405 aa  170  4e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  31.59 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.46 
 
 		 382 aa  170  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  30 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.25 
 
 		 404 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.57 
 
 		 382 aa  167  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.6 
 
 		 388 aa  166  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.61 
 
 		 391 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.26 
 
 		 402 aa  166  5.9999999999999996e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  29.01 
 
 		 404 aa  166  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.01 
 
 		 404 aa  166  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  29.01 
 
 		 404 aa  166  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.01 
 
 		 404 aa  166  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  29.01 
 
 		 404 aa  166  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  29.01 
 
 		 404 aa  166  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  29.22 
 
 		 382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  29.68 
 
 		 382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.2 
 
 		 415 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  29.22 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  29.22 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  28.86 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  29.22 
 
 		 382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  28.77 
 
 		 404 aa  164  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  30.5 
 
 		 382 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.11 
 
 		 403 aa  163  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  29.22 
 
 		 502 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  28.97 
 
 		 382 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  28.97 
 
 		 382 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  28.97 
 
 		 382 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  28.97 
 
 		 382 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  28.72 
 
 		 382 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  28.89 
 
 		 404 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.32 
 
 		 402 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  28.64 
 
 		 404 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.25 
 
 		 404 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  28.46 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.82 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  28.64 
 
 		 404 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 		 404 aa  161  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  28.39 
 
 		 404 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  28.46 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.85 
 
 		 398 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 		 404 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.32 
 
 		 402 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  28.64 
 
 		 404 aa  161  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  28.28 
 
 		 402 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.35 
 
 		 404 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  28.21 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  28.28 
 
 		 402 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  28.28 
 
 		 402 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  29.75 
 
 		 382 aa  160  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.48 
 
 		 403 aa  159  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  27.49 
 
 		 402 aa  159  8e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  27.96 
 
 		 382 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2646  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.75 
 
 		 384 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  27.96 
 
 		 382 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.87 
 
 		 402 aa  158  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.98 
 
 		 402 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  30 
 
 		 402 aa  157  4e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.62 
 
 		 402 aa  157  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  30 
 
 		 402 aa  157  4e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  29.98 
 
 		 381 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.51 
 
 		 404 aa  156  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  30.23 
 
 		 382 aa  156  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  28.46 
 
 		 382 aa  156  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  29.65 
 
 		 382 aa  156  8e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  29.5 
 
 		 382 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.5 
 
 		 382 aa  155  9e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  29.5 
 
 		 382 aa  155  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  29.5 
 
 		 382 aa  155  9e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  29.5 
 
 		 382 aa  155  9e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  29.5 
 
 		 382 aa  155  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.93 
 
 		 382 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  27.78 
 
 		 402 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  29.5 
 
 		 382 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.32 
 
 		 404 aa  155  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  27.78 
 
 		 402 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.01 
 
 		 431 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  27.78 
 
 		 402 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  27.78 
 
 		 402 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  29.5 
 
 		 382 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.05 
 
 		 423 aa  155  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  27.96 
 
 		 404 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>