26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5152 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5152  hypothetical protein  100 
 
 		 276 aa  579  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158632  hitchhiker  0.00137129 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0734  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase  53.23 
 
 		 266 aa  261  6e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  51.67 
 
 		 572 aa  135  9e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  51.15 
 
 		 593 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  55.86 
 
 		 567 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  54.46 
 
 		 559 aa  132  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  55.05 
 
 		 579 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  53.64 
 
 		 567 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  48.87 
 
 		 561 aa  129  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  53.85 
 
 		 578 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  51.79 
 
 		 523 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  52.25 
 
 		 566 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  50.91 
 
 		 570 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  55.24 
 
 		 574 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  55.24 
 
 		 574 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  55.24 
 
 		 574 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  55.24 
 
 		 574 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  55.24 
 
 		 574 aa  122  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2665  hypothetical protein  37.04 
 
 		 251 aa  112  6e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  40.54 
 
 		 551 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  40.54 
 
 		 551 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 549 aa  80.1  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  35 
 
 		 548 aa  78.2  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  45.88 
 
 		 561 aa  77  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31380  predicted protein  36.04 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.88 
 
 		 543 aa  71.6  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>