More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1368 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1368  glutamyl-tRNA reductase  100 
 
 
403 aa  827    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1784  glutamyl-tRNA reductase  39.85 
 
 
413 aa  279  6e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000104753  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2525  glutamyl-tRNA reductase  43.25 
 
 
331 aa  261  1e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199291  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1274  Tetrapyrrole biosynthesis, glutamyl-tRNA reductase-like protein  39.22 
 
 
336 aa  228  1e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.826285  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2164  glutamyl-tRNA reductase  31.98 
 
 
464 aa  186  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.317468  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1250  glutamyl-tRNA reductase  31.88 
 
 
464 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1250  glutamyl-tRNA reductase  31.44 
 
 
441 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.305769 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0317  glutamyl-tRNA reductase  31.34 
 
 
395 aa  176  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3355  glutamyl-tRNA reductase  30.06 
 
 
443 aa  162  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.811107  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12380  glutamyl-tRNA reductase  28.4 
 
 
465 aa  161  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1121  glutamyl-tRNA reductase  28.75 
 
 
458 aa  159  6e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.710663 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1260  glutamyl-tRNA reductase  26.92 
 
 
436 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.497201  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  29.34 
 
 
419 aa  156  6e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1979  glutamyl-tRNA reductase  27.69 
 
 
422 aa  156  7e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.001246  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3064  glutamyl-tRNA reductase  28.21 
 
 
443 aa  153  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0847695  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2026  glutamyl-tRNA reductase  25.3 
 
 
425 aa  150  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.244155  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3689  glutamyl-tRNA reductase  27.15 
 
 
416 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2582  glutamyl-tRNA reductase  26.26 
 
 
443 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  24.94 
 
 
420 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1348  glutamyl-tRNA reductase  25.57 
 
 
446 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1195  glutamyl-tRNA reductase  31.58 
 
 
394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0390  glutamyl-tRNA reductase  26.61 
 
 
434 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0690188  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1465  glutamyl-tRNA reductase  31.48 
 
 
443 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.68367  normal  0.0496513 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  25.97 
 
 
419 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  25.65 
 
 
418 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  26.1 
 
 
420 aa  144  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  24.36 
 
 
429 aa  144  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  25.97 
 
 
418 aa  144  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1423  glutamyl-tRNA reductase  26.29 
 
 
418 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40052  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1528  glutamyl-tRNA reductase  31.56 
 
 
424 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0279  glutamyl-tRNA reductase  25.63 
 
 
446 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0524  glutamyl-tRNA reductase  28.45 
 
 
443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.534347 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0286  glutamyl-tRNA reductase  26.99 
 
 
419 aa  141  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0870  glutamyl-tRNA reductase  26.54 
 
 
454 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2067  glutamyl-tRNA reductase  26.1 
 
 
420 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.85694e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2461  glutamyl-tRNA reductase  26.1 
 
 
420 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000933086  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0993  glutamyl-tRNA reductase  26.5 
 
 
449 aa  139  8.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0959  glutamyl-tRNA reductase  27.39 
 
 
430 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0137  glutamyl-tRNA reductase  25.43 
 
 
438 aa  139  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0618199  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02850  glutamyl-tRNA reductase  26.58 
 
 
443 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.766325  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  25.74 
 
 
418 aa  138  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0685  glutamyl-tRNA reductase  28.23 
 
 
398 aa  138  2e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.310076  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3600  glutamyl-tRNA reductase  26.22 
 
 
422 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.779704 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0617  Glutamyl-tRNA reductase  25.58 
 
 
442 aa  137  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.186934  normal  0.0532706 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0706  glutamyl-tRNA reductase  28.16 
 
 
368 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1374  glutamyl-tRNA reductase  26.5 
 
 
440 aa  136  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143142  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1043  glutamyl-tRNA reductase  28.18 
 
 
421 aa  136  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2180  glutamyl-tRNA reductase  26.1 
 
 
438 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00403267  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  26.1 
 
 
425 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0149  glutamyl-tRNA reductase  25.18 
 
 
449 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.859015  normal  0.0610884 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2408  glutamyl-tRNA reductase  27.12 
 
 
418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2071  glutamyl-tRNA reductase  26.11 
 
 
418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0132375  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1750  glutamyl-tRNA reductase  30 
 
 
442 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11600  glutamyl-tRNA reductase  27.68 
 
 
464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1932  glutamyl-tRNA reductase  27.03 
 
 
418 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000431786  normal  0.0964629 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1618  glutamyl-tRNA reductase  27.81 
 
 
440 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  27.27 
 
 
422 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0810  glutamyl-tRNA reductase  26.08 
 
 
459 aa  133  6e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1362  glutamyl-tRNA reductase  26.16 
 
 
418 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000971063  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1914  glutamyl-tRNA reductase  26.16 
 
 
418 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000422832  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1972  glutamyl-tRNA reductase  26.16 
 
 
418 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000439602  normal  0.904808 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2025  glutamyl-tRNA reductase  27.32 
 
 
450 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1908  glutamyl-tRNA reductase  26.16 
 
 
418 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00010664  normal  0.872325 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2437  glutamyl-tRNA reductase  27.6 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000304893  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1546  glutamyl-tRNA reductase  26.16 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0564626  normal  0.139086 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1691  glutamyl-tRNA reductase  27.6 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000277643  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3238  glutamyl-tRNA reductase  26.78 
 
 
438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.173569  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1989  glutamyl-tRNA reductase  25.32 
 
 
420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00499789  decreased coverage  0.00167683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  25.84 
 
 
422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0523  Glutamyl-tRNA reductase  25.84 
 
 
439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  25.58 
 
 
426 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1288  glutamyl-tRNA reductase  26.67 
 
 
453 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0732  glutamyl-tRNA reductase  25.84 
 
 
425 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2115  glutamyl-tRNA reductase  27.74 
 
 
418 aa  131  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.435842  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2492  glutamyl-tRNA reductase  24.47 
 
 
416 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.59007  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  25.43 
 
 
423 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1459  glutamyl-tRNA reductase  26.67 
 
 
446 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0776  glutamyl-tRNA reductase  26.6 
 
 
429 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.163428 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01185  glutamyl-tRNA reductase  27.3 
 
 
418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.112965  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1315  glutamyl-tRNA reductase  27.3 
 
 
418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.01079e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01195  hypothetical protein  27.3 
 
 
418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0924296  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0407  glutamyl-tRNA reductase  27.25 
 
 
434 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1358  glutamyl-tRNA reductase  26.74 
 
 
418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000645666  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2416  glutamyl-tRNA reductase  27.3 
 
 
418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000119078  hitchhiker  0.0000345051 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1374  glutamyl-tRNA reductase  26.74 
 
 
418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000847987  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0581  glutamyl-tRNA reductase  25.57 
 
 
435 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1362  glutamyl-tRNA reductase  26.67 
 
 
446 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2493  glutamyl-tRNA reductase  26.22 
 
 
446 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0781  glutamyl-tRNA reductase  25.98 
 
 
436 aa  130  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.593416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0407  glutamyl-tRNA reductase  27.25 
 
 
434 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0773  glutamyl-tRNA reductase  25.84 
 
 
425 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0852  glutamyl-tRNA reductase  25.98 
 
 
436 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2338  glutamyl-tRNA reductase  25.64 
 
 
434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2887  glutamyl-tRNA reductase  24.74 
 
 
432 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.171093 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0760  glutamyl-tRNA reductase  25.58 
 
 
425 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0583229  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0360  glutamyl-tRNA reductase  26.69 
 
 
434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0296  glutamyl-tRNA reductase  27.74 
 
 
442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  26.99 
 
 
425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3182  glutamyl-tRNA reductase  27.2 
 
 
444 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.447299  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2473  glutamyl-tRNA reductase  24.57 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>