More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1287 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1287  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  464  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0339445  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  39.45 
 
 		 221 aa  165  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  40.18 
 
 		 221 aa  165  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5471  two component transcriptional regulator  38.81 
 
 		 221 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00800002  hitchhiker  0.0013378 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0802  two component transcriptional regulator  38.07 
 
 		 220 aa  155  7e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.32 
 
 		 239 aa  154  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.32 
 
 		 239 aa  154  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.32 
 
 		 239 aa  154  8e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.17 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3617  two component transcriptional regulator  34.4 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0993  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.54 
 
 		 237 aa  148  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.32 
 
 		 240 aa  147  9e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.17 
 
 		 234 aa  147  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  37.33 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.32 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  36.32 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.32 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.32 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  36.32 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.89 
 
 		 240 aa  145  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.87 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.87 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.87 
 
 		 240 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.87 
 
 		 240 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.87 
 
 		 240 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.87 
 
 		 240 aa  144  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 237 aa  143  2e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  35 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 221 aa  143  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0302  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.1 
 
 		 221 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  33.47 
 
 		 239 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.43 
 
 		 240 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  38.01 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.53 
 
 		 243 aa  141  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  33.64 
 
 		 226 aa  141  9e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0071  DNA-binding response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5188  DNA-binding response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5173  DNA-binding response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5144  DNA-binding response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4744  response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0044  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.73 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4763  response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  36 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5179  DNA-binding response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5275  DNA-binding response regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 		 227 aa  139  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4859  two component transcriptional regulator  32.11 
 
 		 221 aa  139  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 223 aa  138  7e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04836  two-component system regulatory protein  37.17 
 
 		 229 aa  138  7.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  34.2 
 
 		 239 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  33.92 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4900  DNA-binding response regulator  31.65 
 
 		 221 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  32.58 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  34.2 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.42 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.22 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  34.8 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  33.77 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  33.77 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  33.77 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  35.45 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03590  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  31.82 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0594239 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  33.77 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  36.16 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  33.77 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  33.77 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  35.14 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  35.11 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.94 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.09 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  33.77 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.09 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  33.77 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3429  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 233 aa  135  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  33.78 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1815  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.101184  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  33.92 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  35.59 
 
 		 223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  34.53 
 
 		 240 aa  135  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  35 
 
 		 223 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  35 
 
 		 223 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  35 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  35 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 230 aa  134  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>