149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_5558 on replicon NC_007950
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007950  Bpro_5558  hypothetical protein  100 
 
 
269 aa  529  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4179  hypothetical protein  94.42 
 
 
269 aa  467  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.146971  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  39.05 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  39.05 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524  octaprenyl-diphosphate synthase  41.75 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0921642  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1139  octaprenyl-diphosphate synthase  36.5 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0447  octaprenyl-diphosphate synthase  41.75 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1306  octaprenyl-diphosphate synthase  41.75 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3491  octaprenyl-diphosphate synthase  41.75 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.133442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3527  octaprenyl-diphosphate synthase  41.75 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3257  octaprenyl-diphosphate synthase  41.75 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3524  octaprenyl-diphosphate synthase  41.75 
 
 
330 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2653  polyprenyl synthetase  42.7 
 
 
330 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00415418  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3665  trans-hexaprenyltranstransferase  40.78 
 
 
331 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000484392  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0550  polyprenyl synthetase  40.78 
 
 
331 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000400591  normal  0.0346751 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0098  trans-hexaprenyltranstransferase  40.78 
 
 
331 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0483  trans-hexaprenyltranstransferase  40.78 
 
 
331 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000223454  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0580  trans-hexaprenyltranstransferase  40.78 
 
 
331 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478477  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0508  polyprenyl synthetase  40.78 
 
 
331 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000945867  normal  0.644632 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2803  polyprenyl synthetase  40.78 
 
 
331 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000673013  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  36.59 
 
 
343 aa  63.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  32.85 
 
 
322 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  34.15 
 
 
323 aa  63.5  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  34.15 
 
 
323 aa  62.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  35.24 
 
 
327 aa  62.4  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  38.1 
 
 
322 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  30.25 
 
 
322 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  34.71 
 
 
341 aa  61.2  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.24 
 
 
324 aa  60.5  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  37.96 
 
 
323 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  37.96 
 
 
323 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  36.19 
 
 
325 aa  60.1  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0074  Polyprenyl synthetase  30.35 
 
 
258 aa  59.7  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  33.33 
 
 
323 aa  59.3  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  36.19 
 
 
325 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  30.41 
 
 
322 aa  58.9  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  36.19 
 
 
359 aa  58.9  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  28.5 
 
 
323 aa  58.9  0.00000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  31.4 
 
 
323 aa  58.9  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  38.89 
 
 
325 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  36.45 
 
 
313 aa  58.5  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  28.25 
 
 
327 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  33.33 
 
 
348 aa  58.2  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  29.9 
 
 
323 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  31.03 
 
 
323 aa  58.2  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  33.14 
 
 
370 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  33.14 
 
 
370 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  33.14 
 
 
370 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1267  farnesyltranstransferase  34.29 
 
 
327 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000414362  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  33.14 
 
 
370 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  33.14 
 
 
370 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  28.5 
 
 
323 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  29.74 
 
 
323 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  28.5 
 
 
323 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  28.35 
 
 
323 aa  57.4  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  29.74 
 
 
323 aa  57  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  27.13 
 
 
327 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  32.71 
 
 
323 aa  56.2  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  34.29 
 
 
334 aa  55.8  0.0000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  34.29 
 
 
321 aa  55.8  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  30.07 
 
 
342 aa  55.5  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  38.2 
 
 
334 aa  55.8  0.0000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  35.19 
 
 
333 aa  55.5  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  29.56 
 
 
338 aa  55.5  0.0000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  29.49 
 
 
331 aa  55.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  30.89 
 
 
331 aa  54.7  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  28.09 
 
 
345 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  38.2 
 
 
325 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  35.92 
 
 
325 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  35.54 
 
 
340 aa  53.9  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1687  farnesyl pyrophosphate synthetase  26.97 
 
 
332 aa  53.1  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0622197  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0492  polyprenyl synthetase family protein  26.97 
 
 
332 aa  53.1  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000926468  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  26.29 
 
 
322 aa  52.8  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  34.62 
 
 
330 aa  51.6  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 
323 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  34.26 
 
 
323 aa  51.6  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  32.46 
 
 
323 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  25.81 
 
 
345 aa  51.2  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  35.64 
 
 
339 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  31.4 
 
 
322 aa  50.8  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1016  Polyprenyl synthetase  30.58 
 
 
332 aa  50.1  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00162211  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3676  trans-hexaprenyltranstransferase  38.75 
 
 
344 aa  50.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  26.11 
 
 
333 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  29.3 
 
 
326 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_002978  WD0799  octaprenyl-diphosphate synthase  24.84 
 
 
328 aa  50.1  0.00004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.286745  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  26.11 
 
 
333 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0840  trans-hexaprenyltranstransferase  32.14 
 
 
327 aa  50.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.24671  normal  0.90387 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  26.11 
 
 
333 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 
331 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 
331 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 
331 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  29.6 
 
 
322 aa  49.7  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  28.08 
 
 
340 aa  49.7  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.640132 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>