40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5676 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5676  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  268  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.304221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3176  hypothetical protein  49.62 
 
 		 132 aa  111  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25020  predicted nucleic-acid-binding protein, contains PIN domain  41.73 
 
 		 134 aa  96.7  9e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2443  hypothetical protein  45.6 
 
 		 132 aa  92.8  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4258  PilT domain-containing protein  35.04 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1698  PilT domain-containing protein  29.32 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.249544  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3693  PilT protein-like  30.3 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0661  Pil-like protein  35.94 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3010  PilT protein-like  29.77 
 
 		 131 aa  73.9  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0615  hypothetical protein  35.07 
 
 		 136 aa  72  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.466526  normal  0.0181742 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4815  PilT protein-like  30.3 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3352  PilT domain-containing protein  30.3 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4164  PilT domain-containing protein  30.3 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0375778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5543  hypothetical protein  75 
 
 		 44 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127531  hitchhiker  0.0032389 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24970  predicted nucleic-acid-binding protein, contains PIN domain  36.43 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3501  PilT protein-like  28.03 
 
 		 130 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03477  PilT-like protein  31.94 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4208  hypothetical protein  41.77 
 
 		 89 aa  61.6  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3013  PilT domain-containing protein  35.48 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1340  PilT protein-like  30.51 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0194017 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1077  hypothetical protein  32.03 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.918095  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1153  hypothetical protein  29.37 
 
 		 133 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.948383  normal  0.0186046 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2285  PilT protein-like protein  32.35 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.420791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1917  PilT protein domain protein  34.43 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209239  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2544  PilT protein-like  33.33 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1277  hypothetical protein  30.47 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.836734  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3084  PilT protein  30.88 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2132  PilT protein domain protein  28.12 
 
 		 130 aa  53.5  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0197  Nucleotide binding protein PINc  29.41 
 
 		 136 aa  53.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000623662  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2481  nucleic-acid-binding protein contains PIN domain-like protein  27.73 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1987  PilT protein domain protein  28.93 
 
 		 138 aa  51.2  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000443268  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0275  hypothetical protein  30.08 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3493  PilT domain-containing protein  29.7 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1941  PilT protein domain protein  26.23 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1056  PilT protein domain protein  19.8 
 
 		 136 aa  42.7  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0770997  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2399  PilT protein domain protein  25.6 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.108207  decreased coverage  0.00132588 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0375  PilT domain-containing protein  26.21 
 
 		 137 aa  42  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6653  hypothetical protein  45 
 
 		 52 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.150352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0561  PilT protein domain protein  28.85 
 
 		 149 aa  40  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.183955  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3102  PilT protein domain protein  28.85 
 
 		 149 aa  40  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>