33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3501 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3501  PilT protein-like  100 
 
 		 130 aa  263  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3693  PilT protein-like  91.54 
 
 		 130 aa  244  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0661  Pil-like protein  39.55 
 
 		 136 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2443  hypothetical protein  38.64 
 
 		 132 aa  88.2  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4258  PilT domain-containing protein  32.8 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5676  hypothetical protein  28.03 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.304221 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4164  PilT domain-containing protein  34.88 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0375778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4815  PilT protein-like  34.88 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3352  PilT domain-containing protein  34.88 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3010  PilT protein-like  34.96 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25020  predicted nucleic-acid-binding protein, contains PIN domain  31.58 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1340  PilT protein-like  37.5 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0194017 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0615  hypothetical protein  33.07 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.466526  normal  0.0181742 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3013  PilT domain-containing protein  35.25 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3176  hypothetical protein  33.08 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24970  predicted nucleic-acid-binding protein, contains PIN domain  31.25 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2285  PilT protein-like protein  31 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.420791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1917  PilT protein domain protein  31.75 
 
 		 133 aa  53.5  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209239  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1153  hypothetical protein  31.78 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.948383  normal  0.0186046 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2132  PilT protein domain protein  28.68 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03477  PilT-like protein  29.29 
 
 		 146 aa  51.6  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2544  PilT protein-like  31.71 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1698  PilT domain-containing protein  28.35 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.249544  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3084  PilT protein  31.93 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1277  hypothetical protein  27.2 
 
 		 133 aa  50.4  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.836734  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0275  hypothetical protein  31.36 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1522  PilT protein domain protein  26.92 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3493  PilT domain-containing protein  29.41 
 
 		 136 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1077  hypothetical protein  27.13 
 
 		 133 aa  44.3  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.918095  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3023  PilT domain-containing protein  29.06 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.769466 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2205  PilT protein domain protein  23.53 
 
 		 138 aa  41.2  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000141921 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0197  Nucleotide binding protein PINc  24.17 
 
 		 136 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000623662  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2481  nucleic-acid-binding protein contains PIN domain-like protein  25 
 
 		 136 aa  40  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>