More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5376 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5376  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
286 aa  570  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
298 aa  296  3e-79  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.47 
 
 
305 aa  287  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.35 
 
 
283 aa  275  8e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
283 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.452633  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.28 
 
 
295 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
300 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  43.31 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
301 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
304 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
319 aa  215  7e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
300 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  40.38 
 
 
301 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
280 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
285 aa  206  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
310 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
287 aa  206  4e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.33 
 
 
304 aa  205  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
280 aa  206  5e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
299 aa  205  6e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
305 aa  205  6e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.07 
 
 
301 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
299 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
301 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
304 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
311 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
280 aa  203  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.12 
 
 
310 aa  202  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
304 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.94 
 
 
300 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
300 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
300 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.33 
 
 
284 aa  202  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
301 aa  202  6e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
304 aa  201  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.3 
 
 
300 aa  201  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
310 aa  201  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
302 aa  201  9e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
311 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
290 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
291 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
304 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
304 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
304 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
289 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.49 
 
 
282 aa  198  7e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
307 aa  198  7e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.75 
 
 
295 aa  198  7e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
277 aa  198  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  39.49 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
285 aa  195  6e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.87 
 
 
299 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.87 
 
 
299 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.87 
 
 
299 aa  194  1e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.87 
 
 
299 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.87 
 
 
299 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  41.99 
 
 
313 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  41.99 
 
 
313 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  41.99 
 
 
313 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  41.42 
 
 
288 aa  193  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
313 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
313 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
313 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
313 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
285 aa  192  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
297 aa  191  9e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
298 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
304 aa  190  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.51 
 
 
301 aa  190  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
304 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165085  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
284 aa  189  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
303 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
283 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.22 
 
 
282 aa  188  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  41.99 
 
 
313 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.29 
 
 
311 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  38.58 
 
 
283 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
298 aa  188  1e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
312 aa  187  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
274 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0195  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  41.49 
 
 
304 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.93 
 
 
304 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.7 
 
 
298 aa  186  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2946  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.25 
 
 
287 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  0.633228 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
278 aa  186  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
313 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
304 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  36.7 
 
 
298 aa  185  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>