More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1564 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
305 aa  614  1e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.92 
 
 
283 aa  312  4.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.75 
 
 
298 aa  300  3e-80  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5376  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  51.47 
 
 
286 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.12 
 
 
283 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.452633  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
295 aa  256  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.22 
 
 
319 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 
304 aa  232  6e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  42.51 
 
 
300 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
300 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  39.58 
 
 
300 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.27 
 
 
300 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
300 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
301 aa  226  3e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
293 aa  226  3e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
307 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
300 aa  221  8e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.81 
 
 
295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
287 aa  220  3e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
301 aa  219  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
304 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  39.44 
 
 
304 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
310 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
299 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.28 
 
 
284 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
311 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.12 
 
 
301 aa  216  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.41 
 
 
300 aa  216  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.76 
 
 
279 aa  215  8e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
280 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
305 aa  212  7.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  39.62 
 
 
301 aa  211  9e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.91 
 
 
305 aa  211  1e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
289 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.46 
 
 
301 aa  210  3e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
280 aa  209  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
302 aa  209  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
299 aa  209  5e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.28 
 
 
325 aa  208  8e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.16 
 
 
300 aa  207  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
296 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
298 aa  207  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
299 aa  206  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  39.25 
 
 
288 aa  206  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.22 
 
 
284 aa  206  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
300 aa  206  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2946  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  40.98 
 
 
287 aa  205  6e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  0.633228 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
304 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
302 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
300 aa  203  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
310 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.92 
 
 
310 aa  202  6e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
304 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
469 aa  201  9.999999999999999e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
294 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  38.93 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  36.5 
 
 
867 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
302 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.878588  normal  0.0471149 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
359 aa  199  6e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  39.57 
 
 
303 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.58 
 
 
299 aa  199  7e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.58 
 
 
299 aa  199  7e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.58 
 
 
299 aa  199  7e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.58 
 
 
299 aa  199  7e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.29 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.29 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.29 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  37.86 
 
 
276 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  37.77 
 
 
283 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.85 
 
 
282 aa  198  9e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
283 aa  198  9e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.93 
 
 
303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1080  peptide ABC transporter, permease protein  43.46 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0826305  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.58 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  38.93 
 
 
303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  39.29 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.89 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.89 
 
 
298 aa  196  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
304 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.89 
 
 
298 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>