74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0865 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0865  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 		 61 aa  131  3e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000475517  normal  0.391737 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1411  regulatory protein, FmdB family  48.21 
 
 		 126 aa  58.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23900  putative regulatory protein, FmdB family  44.07 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0626  regulatory protein, FmdB family  41.67 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0488  regulatory protein, FmdB family  40.68 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.813132  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1895  FmdB family regulatory protein  38.98 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.448819  normal  0.145207 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4835  FmdB family regulatory protein  40.68 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866513 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  42.11 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4292  FmdB transcriptional regulator  38.98 
 
 		 110 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4378  FmdB family regulatory protein  38.98 
 
 		 110 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.530419  normal  0.589955 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  37.5 
 
 		 90 aa  50.8  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4670  FmdB family regulatory protein  38.98 
 
 		 113 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0329006  normal  0.590525 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0875  regulatory protein, FmdB family  42.37 
 
 		 113 aa  50.4  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.413993  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11009  serine rich protein  37.29 
 
 		 110 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.667745 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4645  regulatory protein, FmdB family  40.68 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0902  regulatory protein, FmdB family  36.84 
 
 		 111 aa  49.7  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1970  regulatory protein, FmdB family  40.35 
 
 		 67 aa  49.3  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  38.98 
 
 		 93 aa  49.3  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0834  regulatory protein, FmdB family  35.59 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.166433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0371  hypothetical protein  42.11 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  37.5 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  35.59 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2866  FmdB family regulatory protein  38.98 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03040  putative regulatory protein, FmdB family  39.34 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  35.71 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4089  regulatory protein, FmdB family  40.98 
 
 		 120 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  37.29 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  40.35 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3694  putative regulatory protein, FmdB family  36.84 
 
 		 118 aa  47.4  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0000506128  normal  0.846133 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  36.67 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  37.29 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135331 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  35.38 
 
 		 102 aa  47  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  35.59 
 
 		 92 aa  47.4  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30590  putative regulatory protein, FmdB family  37.93 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0140948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3010  hypothetical protein  35.09 
 
 		 97 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.794189  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32690  putative regulatory protein, FmdB family  35.71 
 
 		 112 aa  46.2  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.914233  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2625  regulatory protein, FmdB family  40.32 
 
 		 75 aa  46.2  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.874466  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1114  regulatory protein, FmdB family  43.1 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00330778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  34.55 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000232466  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0108  regulatory protein, FmdB family  36.84 
 
 		 142 aa  44.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0629373  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1467  regulatory protein, FmdB family  37.93 
 
 		 138 aa  44.7  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  44.07 
 
 		 85 aa  44.3  0.0006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  45.9 
 
 		 85 aa  43.9  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0908  regulatory protein, FmdB family  35.71 
 
 		 96 aa  43.5  0.0009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  37.7 
 
 		 108 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1341  regulatory protein, FmdB family  42 
 
 		 73 aa  42.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141907  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2441  FmdB transcriptional regulator  36.54 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  42.37 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0094  regulatory protein, FmdB family  35.59 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2720  regulatory protein, FmdB family  38.78 
 
 		 82 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1673  hypothetical protein  41.94 
 
 		 61 aa  42.7  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  33.33 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  39.68 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0708  FmdB family regulatory protein  38.98 
 
 		 100 aa  42.4  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.001557  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13090  putative regulatory protein, FmdB family  40.32 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0657763  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0029  FmdB family regulatory protein  42.62 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000204115  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1599  regulatory protein, FmdB family  45 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.284744  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3034  FmdB family regulatory protein  40.98 
 
 		 84 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.773747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0277  FmdB family regulatory protein  42.37 
 
 		 69 aa  42  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000770488  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0433  FmdB family regulatory protein  32.65 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.186737  hitchhiker  0.000109724 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1727  regulatory protein, FmdB family  41.94 
 
 		 85 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0359754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2140  FmdB family regulatory protein  40.98 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.797188  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  33.33 
 
 		 83 aa  41.6  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2117  hypothetical protein  38.33 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.145688  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0648  regulatory protein, FmdB family  35 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1830  regulatory protein, FmdB family  35 
 
 		 83 aa  40.8  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2540  FmdB family regulatory protein  50 
 
 		 70 aa  40.8  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3419  regulatory protein, FmdB family  33.33 
 
 		 77 aa  40.8  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0781  FmdB family regulatory protein  37.7 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000492398  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1496  regulatory protein, FmdB family  36.73 
 
 		 82 aa  40.4  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000164684  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0804  FmdB family regulatory protein  37.7 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000263979  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2465  regulatory protein, FmdB family  33.33 
 
 		 106 aa  40.4  0.009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0532528  hitchhiker  0.00128388 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0427  FmdB family regulatory protein  37.04 
 
 		 99 aa  40.4  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.953461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3106  FmdB family regulatory protein  33.87 
 
 		 108 aa  40.4  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000220195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>