147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0875 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0875  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 
113 aa  213  7e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.413993  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0626  regulatory protein, FmdB family  71.67 
 
 
101 aa  98.2  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  64.62 
 
 
132 aa  97.4  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32690  putative regulatory protein, FmdB family  73.68 
 
 
112 aa  95.9  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.914233  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0488  regulatory protein, FmdB family  64 
 
 
107 aa  94  6e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.813132  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  57.89 
 
 
102 aa  91.7  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4089  regulatory protein, FmdB family  60.26 
 
 
120 aa  91.3  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4645  regulatory protein, FmdB family  57.14 
 
 
119 aa  91.3  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  52.75 
 
 
125 aa  90.1  9e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4835  FmdB family regulatory protein  61.11 
 
 
115 aa  89.4  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.866513 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  63.93 
 
 
90 aa  89  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2866  FmdB family regulatory protein  63.24 
 
 
81 aa  89  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1895  FmdB family regulatory protein  63.93 
 
 
117 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.448819  normal  0.145207 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  59.7 
 
 
93 aa  87  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  51.02 
 
 
108 aa  86.7  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4292  FmdB transcriptional regulator  55.07 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4378  FmdB family regulatory protein  55.07 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.530419  normal  0.589955 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  63.08 
 
 
128 aa  86.7  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  66.67 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  63.33 
 
 
86 aa  84.7  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135331 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1411  regulatory protein, FmdB family  60 
 
 
126 aa  84.3  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4670  FmdB family regulatory protein  60 
 
 
113 aa  84  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0329006  normal  0.590525 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0371  hypothetical protein  62.71 
 
 
95 aa  82.4  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  61.67 
 
 
86 aa  80.9  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0902  regulatory protein, FmdB family  62.07 
 
 
111 aa  80.1  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.269923  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11009  serine rich protein  49.3 
 
 
110 aa  78.2  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.667745 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03040  putative regulatory protein, FmdB family  56.45 
 
 
71 aa  78.2  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23900  putative regulatory protein, FmdB family  60 
 
 
90 aa  77.8  0.00000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  56.9 
 
 
115 aa  77.8  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0834  regulatory protein, FmdB family  60 
 
 
117 aa  77.4  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.166433  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0908  regulatory protein, FmdB family  56.14 
 
 
96 aa  77  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13090  putative regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0657763  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0108  regulatory protein, FmdB family  58.62 
 
 
142 aa  75.5  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0629373  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3694  putative regulatory protein, FmdB family  56.9 
 
 
118 aa  74.7  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0000506128  normal  0.846133 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3191  FmdB family regulatory protein  60 
 
 
91 aa  73.2  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2661  hypothetical protein  56.67 
 
 
82 aa  72.4  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5267  regulatory protein, FmdB family  40.37 
 
 
118 aa  71.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.471797 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1830  regulatory protein, FmdB family  48.48 
 
 
83 aa  71.6  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30590  putative regulatory protein, FmdB family  55.93 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0140948  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1970  regulatory protein, FmdB family  53.45 
 
 
67 aa  70.5  0.000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3821  FmdB family regulatory protein  43.82 
 
 
89 aa  70.1  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268528  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1094  FmdB transcriptional regulator  37.23 
 
 
89 aa  67.4  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.176161  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0781  FmdB family regulatory protein  38.96 
 
 
75 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000492398  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0804  FmdB family regulatory protein  38.96 
 
 
75 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000263979  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  38.82 
 
 
88 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  44.62 
 
 
104 aa  65.5  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  44.62 
 
 
104 aa  65.5  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  41.67 
 
 
83 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  43.55 
 
 
99 aa  65.5  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  41.18 
 
 
83 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1727  regulatory protein, FmdB family  54.17 
 
 
85 aa  64.3  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0359754  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2117  hypothetical protein  35.42 
 
 
101 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.145688  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2625  regulatory protein, FmdB family  46.38 
 
 
75 aa  64.3  0.0000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.874466  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  41.46 
 
 
82 aa  62.8  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000232466  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3034  FmdB family regulatory protein  52.94 
 
 
84 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.773747  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0924  regulatory protein, FmdB family  43.82 
 
 
83 aa  62.8  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2140  FmdB family regulatory protein  54.84 
 
 
99 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.797188  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1673  hypothetical protein  51.67 
 
 
61 aa  62.8  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  41.27 
 
 
95 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3106  FmdB family regulatory protein  50 
 
 
108 aa  61.2  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000220195  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0104  hypothetical protein  43.55 
 
 
69 aa  60.5  0.000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  32.04 
 
 
92 aa  60.1  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  42.86 
 
 
81 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  41.38 
 
 
99 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  33.73 
 
 
108 aa  58.2  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0206  hypothetical protein  36.49 
 
 
91 aa  58.2  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000235601  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0708  FmdB family regulatory protein  41.38 
 
 
100 aa  57.8  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.001557  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0232  regulatory protein, FmdB family  48.33 
 
 
58 aa  57.4  0.00000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2923  regulatory protein, FmdB family  45.31 
 
 
108 aa  57.8  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  35.58 
 
 
121 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  43.64 
 
 
73 aa  57  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  45 
 
 
88 aa  57  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  47.56 
 
 
85 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0277  FmdB family regulatory protein  41.43 
 
 
69 aa  56.6  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000770488  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  42.62 
 
 
63 aa  56.6  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  39.77 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  37.14 
 
 
73 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  46.88 
 
 
95 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  37.78 
 
 
112 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2497  FmdB family regulatory protein  38.55 
 
 
78 aa  56.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  37.1 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  39.77 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  35.71 
 
 
73 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2468  hypothetical protein  40.91 
 
 
70 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0737911 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0204  regulatory protein, FmdB family  41.1 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0297929 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  44.78 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  44.78 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  44.78 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  44.78 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  37.68 
 
 
85 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  37.68 
 
 
85 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  34.29 
 
 
73 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  40 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0865  regulatory protein, FmdB family  42.86 
 
 
61 aa  54.3  0.0000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000475517  normal  0.391737 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  34.29 
 
 
73 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  42.62 
 
 
113 aa  53.5  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  38.1 
 
 
91 aa  53.5  0.0000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  38.1 
 
 
91 aa  53.5  0.0000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1038  FmdB family regulatory protein  37.23 
 
 
90 aa  53.5  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000617496  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  34.29 
 
 
73 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>