More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4619 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  511  1e-144  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4930  short chain dehydrogenase  79.26 
 
 
269 aa  380  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.56784  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
248 aa  167  1e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.69 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_642  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  36.78 
 
 
265 aa  155  7e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100952  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
256 aa  155  7e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 
260 aa  155  8e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
274 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
258 aa  155  9e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2068  putative L-2,3-butanediol dehydrogenase  37.11 
 
 
261 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000343042  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  39.92 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
269 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0736  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.02 
 
 
264 aa  152  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00191984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
259 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
259 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2236  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.63 
 
 
266 aa  150  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0079693  hitchhiker  0.0000000000146791 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
256 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.108685 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
258 aa  151  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
250 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 
252 aa  149  3e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  149  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
248 aa  149  4e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
247 aa  149  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
255 aa  148  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
253 aa  148  7e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  41.35 
 
 
259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000369604  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.78 
 
 
246 aa  145  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
256 aa  145  6e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
247 aa  145  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
257 aa  145  9e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
254 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
251 aa  144  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.54 
 
 
249 aa  144  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
251 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 
255 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
251 aa  142  6e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
269 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
250 aa  142  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.99 
 
 
246 aa  142  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
257 aa  141  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
257 aa  141  9e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  37.15 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.83 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.62 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.708737  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  33.97 
 
 
265 aa  140  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
256 aa  139  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
255 aa  140  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
261 aa  139  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289051  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
251 aa  139  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.195862  normal  0.0790399 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.08 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
255 aa  139  4.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0830  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
249 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2028  acetoin reductase  36.51 
 
 
256 aa  139  6e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0609  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.63 
 
 
250 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000540972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
260 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
260 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  38.58 
 
 
257 aa  139  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 
246 aa  139  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
258 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.4 
 
 
245 aa  138  7e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  139  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  35.29 
 
 
259 aa  138  7e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
260 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
260 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
251 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  40.7 
 
 
254 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.49 
 
 
246 aa  137  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
255 aa  137  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
250 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
251 aa  138  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
270 aa  137  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
253 aa  138  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
262 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0974  acetoin reductase  38.04 
 
 
257 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
249 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
267 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>