30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_0600 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_0600  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 348 aa  705    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4467  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma 28 subunit  25.51 
 
 		 390 aa  82.4  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.209925  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.62 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7795  putative sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  24.38 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0673459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 		 212 aa  53.9  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0155755  normal  0.700123 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.4 
 
 		 203 aa  53.1  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0409  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26 
 
 		 205 aa  50.1  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  27.08 
 
 		 223 aa  48.9  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1270  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26.71 
 
 		 178 aa  47.4  0.0004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.640503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.19 
 
 		 206 aa  46.6  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.77 
 
 		 208 aa  46.2  0.0008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.27 
 
 		 193 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  28.03 
 
 		 193 aa  45.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1185  sigma 54 modulation protein/ribosomal protein S30EA  26.03 
 
 		 178 aa  44.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00855274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.27 
 
 		 193 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1189  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.75 
 
 		 209 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209698  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.27 
 
 		 193 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.27 
 
 		 193 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.27 
 
 		 193 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  28.79 
 
 		 193 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  28.79 
 
 		 193 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  26.09 
 
 		 183 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.52 
 
 		 206 aa  43.5  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.89 
 
 		 193 aa  43.5  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.37 
 
 		 191 aa  43.1  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.81 
 
 		 191 aa  43.1  0.007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  38.81 
 
 		 191 aa  43.1  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.52 
 
 		 193 aa  43.1  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7492  RNA polymerase sigma factor  26.47 
 
 		 226 aa  42.7  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.732651  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.52 
 
 		 193 aa  43.1  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>