More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0444 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
212 aa  438  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0155755  normal  0.700123 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0409  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  75.4 
 
 
205 aa  273  1.0000000000000001e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  68.82 
 
 
202 aa  265  4e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  69.1 
 
 
180 aa  263  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  70.62 
 
 
180 aa  254  4e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0408  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  68.36 
 
 
202 aa  243  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.018156  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  65.19 
 
 
186 aa  235  4e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5141  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.86 
 
 
196 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.440506 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.76 
 
 
192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.22 
 
 
192 aa  115  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.69 
 
 
192 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  36.53 
 
 
194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  34.62 
 
 
190 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.16 
 
 
206 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
192 aa  111  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.68 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.21 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.68 
 
 
202 aa  109  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.5 
 
 
195 aa  108  6e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.63 
 
 
208 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  35.63 
 
 
208 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  33.53 
 
 
183 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.86 
 
 
211 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  36.05 
 
 
205 aa  105  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.46 
 
 
192 aa  105  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.45 
 
 
192 aa  104  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
192 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
192 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
192 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
192 aa  104  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  104  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.02 
 
 
208 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.09 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.63 
 
 
208 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
184 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.54 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  33.14 
 
 
193 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.14 
 
 
193 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
184 aa  102  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.14 
 
 
193 aa  101  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
192 aa  101  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.77 
 
 
205 aa  101  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  30.59 
 
 
214 aa  101  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
206 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.14 
 
 
201 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
206 aa  100  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
222 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.62 
 
 
223 aa  100  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.14 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  32.02 
 
 
200 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.17 
 
 
191 aa  100  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.14 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.14 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.57 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.57 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.14 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.37 
 
 
197 aa  99.4  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.12 
 
 
200 aa  99.8  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.86 
 
 
392 aa  99.8  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.27 
 
 
208 aa  99.4  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
184 aa  99  5e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.66 
 
 
215 aa  99  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
194 aa  99  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000156135  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.98 
 
 
191 aa  99  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
220 aa  99  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
191 aa  98.6  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.77 
 
 
185 aa  98.2  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.28 
 
 
203 aa  98.2  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 
180 aa  98.2  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.71 
 
 
191 aa  97.4  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.62 
 
 
191 aa  97.8  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
192 aa  97.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  31.61 
 
 
233 aa  97.4  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1640  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.18 
 
 
221 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.651448  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.35 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.89 
 
 
224 aa  96.7  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0874  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.46 
 
 
192 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145718  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
191 aa  96.3  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
191 aa  96.3  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
202 aa  96.3  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.61 
 
 
199 aa  96.3  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
191 aa  96.3  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1595  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.78 
 
 
181 aa  96.3  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.808693  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0714  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.02 
 
 
524 aa  95.9  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3124  RNA polymerase factor sigma-70  33.14 
 
 
334 aa  95.9  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.093145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
211 aa  95.9  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.32 
 
 
190 aa  95.9  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.47 
 
 
191 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>