103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3195t on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I3195t  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.215562  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00847  tRNA-Met  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna017  tRNA-Met  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274857  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0012  tRNA-Met  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097362  normal  0.0784713 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0007  tRNA-Met  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0042  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0048  tRNA-Phe  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5028  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523947  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1177  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000105973  hitchhiker  0.000000000000145149 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1265  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00276472  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1601  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2412  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00869744  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2610  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000297612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2193  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000427584  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2264  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.716137  hitchhiker  0.00000000422113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2796  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.466564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2909  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000128307  hitchhiker  0.0000000000424074 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3218  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.409054  hitchhiker  0.0091644 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3536  tRNA-Met  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00370417  hitchhiker  0.000000304392 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1165  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0178  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000622279 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>