67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1225 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  100 
 
 		 220 aa  454  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  64.32 
 
 		 222 aa  285  2.9999999999999996e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  63.85 
 
 		 223 aa  281  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  63.38 
 
 		 221 aa  278  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  63.38 
 
 		 221 aa  277  9e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  63.38 
 
 		 221 aa  277  9e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  63.38 
 
 		 218 aa  277  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  62.91 
 
 		 221 aa  274  9e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  61.03 
 
 		 214 aa  270  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  61.03 
 
 		 214 aa  267  7e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  58.69 
 
 		 218 aa  265  5e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  57.27 
 
 		 222 aa  261  6e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  57.67 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  54.21 
 
 		 228 aa  237  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  56.02 
 
 		 220 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.07 
 
 		 220 aa  225  4e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.47 
 
 		 239 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.86 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.47 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.11 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.59 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  42.52 
 
 		 225 aa  158  7e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.98 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.18 
 
 		 232 aa  154  7e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.12 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.04 
 
 		 222 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  40.09 
 
 		 230 aa  151  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  41.67 
 
 		 219 aa  151  8e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  41.82 
 
 		 230 aa  151  8.999999999999999e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.65 
 
 		 222 aa  149  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.59 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.07 
 
 		 241 aa  142  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.43 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.64 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.92 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  39.3 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  41.85 
 
 		 192 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  38.32 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.73 
 
 		 234 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.69 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  34.22 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  39.72 
 
 		 150 aa  95.1  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.42 
 
 		 117 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.42 
 
 		 117 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  36.84 
 
 		 114 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  30.77 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.24 
 
 		 125 aa  51.2  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  40 
 
 		 136 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4364  hypothetical protein  36.26 
 
 		 116 aa  46.2  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  32.5 
 
 		 224 aa  45.8  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.43 
 
 		 262 aa  44.7  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.1 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  41.07 
 
 		 223 aa  43.1  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4294  cupin 2 domain-containing protein  28.68 
 
 		 129 aa  42.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373315  normal  0.351729 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0659  hypothetical protein  33.78 
 
 		 123 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0490503  normal  0.219182 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0637  hypothetical protein  33.78 
 
 		 123 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.88 
 
 		 231 aa  42.7  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4975  cupin 2, barrel  28.68 
 
 		 129 aa  42.7  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254232  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.43 
 
 		 216 aa  42.7  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3185  cupin 2 domain-containing protein  28.68 
 
 		 129 aa  42.7  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.99 
 
 		 243 aa  42.4  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1059  hypothetical protein  31.37 
 
 		 151 aa  42.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0900877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.99 
 
 		 243 aa  42.4  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.99 
 
 		 243 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.99 
 
 		 240 aa  42.4  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  30 
 
 		 226 aa  42  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>