71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1495 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 222 aa  460  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  79.63 
 
 		 218 aa  372  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  69.3 
 
 		 222 aa  317  1e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  68.37 
 
 		 221 aa  315  5e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  67.91 
 
 		 221 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  67.91 
 
 		 221 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  66.51 
 
 		 218 aa  311  6.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  67.91 
 
 		 221 aa  310  9e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  66.51 
 
 		 223 aa  308  5e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.26 
 
 		 214 aa  287  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  62.44 
 
 		 214 aa  280  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  57.27 
 
 		 220 aa  261  6e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  55.35 
 
 		 220 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.07 
 
 		 220 aa  228  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.93 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.46 
 
 		 228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  48.17 
 
 		 223 aa  211  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.79 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.79 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  40.37 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.53 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.27 
 
 		 222 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.81 
 
 		 244 aa  151  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.33 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  41.45 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.1 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.07 
 
 		 222 aa  146  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.04 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.09 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.62 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.37 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.14 
 
 		 222 aa  142  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.79 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  38.14 
 
 		 225 aa  137  8.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.84 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.31 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  38.46 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  38.74 
 
 		 226 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  39.46 
 
 		 192 aa  117  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  41.13 
 
 		 150 aa  99.4  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  33.99 
 
 		 243 aa  94.4  1e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  45.59 
 
 		 114 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.12 
 
 		 117 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.12 
 
 		 117 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  29.31 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.71 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.22 
 
 		 262 aa  51.6  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01678  putative transmembrane protein  31.78 
 
 		 127 aa  51.2  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.56 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.69 
 
 		 136 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3894  cupin 2 conserved barrel domain protein  32.97 
 
 		 156 aa  49.3  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  34.04 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  42.31 
 
 		 223 aa  45.8  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 243 aa  45.4  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 240 aa  45.4  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 243 aa  45.1  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 243 aa  45.1  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0376  hypothetical protein  32.35 
 
 		 126 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.330779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3343  cupin 2, barrel  26.53 
 
 		 175 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.235218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.34 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0619  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.22 
 
 		 140 aa  43.9  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.82 
 
 		 125 aa  44.3  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0637  hypothetical protein  33.33 
 
 		 123 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.74 
 
 		 246 aa  43.1  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0659  hypothetical protein  33.33 
 
 		 123 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0490503  normal  0.219182 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1032  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.35 
 
 		 121 aa  42.7  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  30.3 
 
 		 228 aa  42.4  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3701  hypothetical protein  32.93 
 
 		 146 aa  41.6  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.30488 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4662  hypothetical protein  32.93 
 
 		 146 aa  41.6  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.862507  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3820  hypothetical protein  32.93 
 
 		 128 aa  41.6  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.808403  normal  0.759968 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>