143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_R0008 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1180  tRNA-His  88.14 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0486597  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0011  tRNA-His  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  85.96 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0024  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00268867  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0568  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0078  tRNA-His  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  93.75 
 
 		 70 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0005  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0326201  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00209721  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt20  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt20  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000866023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241383  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0027  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.76766  normal  0.328825 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>