More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Asp-1 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00209721  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0054  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566349  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000102957  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0054  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000552526  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241383  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000866023  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0082  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000108643  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0153  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000144373 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0119  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0531426 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0004  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.132491 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t053  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t054  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0139  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.595909  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000166381  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  0.0000000316845 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000164688  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0060  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580753  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_006368  lppt20  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt20  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0021  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.76663 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0012  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556518  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0177  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000146033  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0024  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000026907  hitchhiker  0.00767496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0005  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.128453  unclonable  0.0000112956 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0012  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0126  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0094  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0052  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000027017  normal  0.232188 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0067  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000256523  hitchhiker  0.000000993702 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0125  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000018032  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000109987  hitchhiker  0.00000103719 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0079  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000855359  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0083  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000419566  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0162  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0080  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000081344  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0137  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.56493 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0026  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326612  hitchhiker  0.00778031 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0004  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.712007  hitchhiker  0.000000679169 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0019  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000111576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0101  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000609189  hitchhiker  0.00329166 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0018  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00473987  normal  0.433792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t031  tRNA-Asp  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t020  tRNA-Asp  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000245604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t083  tRNA-Asp  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130916  hitchhiker  0.0000727647 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t086  tRNA-Asp  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000212275 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03716  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00373  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00473  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00246  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3158t  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01014  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03609  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1110t  tRNA-Asp  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.485289  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2713  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000225937  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2324  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1946  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0019  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0571821  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2455  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0030  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000504867  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>