195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1180 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1180  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0486597  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  90.91 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000639476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4200  tRNA-His  90.91 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1543e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0090  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0004  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000344826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0009  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000412211  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0002  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0088  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0043  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173086  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4162  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000163732  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4212  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4320  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000321516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4261  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000854975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2767  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.2257  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4143  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4162  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4158  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000071707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5231  tRNA-His  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000873931  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00068  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000377895  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0047  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0123  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000064572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0009  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000404994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5088  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000459439  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00486  tRNA-His  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00488  tRNA-His  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3100t  tRNA-His  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000111916  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3098t  tRNA-His  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0035  tRNA-His  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000105809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0020  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0046  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0024  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0036  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0370477  normal  0.249392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0035  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0045  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0024  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.961461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0011  tRNA-His  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750862  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0040  tRNA-His  91.38 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-His-3  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna019  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000572511  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna021  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0022  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.182348  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1995  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180123  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0047  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000286041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0047  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2495  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.374126  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0023  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0032  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00257148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0047  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0247506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0045  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0639484  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0039  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000465225  normal  0.429599 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0018  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.901161  normal  0.123364 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0036  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420238  normal  0.0855626 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1715  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.161636  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0031  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0055  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.337308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0048  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0372  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1828  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1842  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0661069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0789  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.530119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0023  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t51  tRNA-His  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.297022  normal  0.0342999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t53  tRNA-His  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266756  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0064  tRNA-His  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0431987 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0066  tRNA-His  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308433  normal  0.0175019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0056  tRNA-His  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441531  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0058  tRNA-His  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.606593  hitchhiker  0.000424792 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0059  tRNA-His  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0059  tRNA-His  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0055  tRNA-His  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0186  tRNA-His  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>