More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4316 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.76766  normal  0.328825 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.968227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.961867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0046  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000290325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0045  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.316389 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0047  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31974 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t29  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.201706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t44  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.102861  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t46  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00513183  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02887  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_003295  RS04530  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000141295  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t46  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t47  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t49  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-3  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0247  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asp-4  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000234173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA30  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000254834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0017  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432002  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0025  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000547625  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0028  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000186167  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2621  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000284605  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2623  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000119328  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R26  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000223241  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R28  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771602  normal  0.0209843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R37  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.835448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R38  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.809466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1989  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700104  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2128  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.295642  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000102957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0040  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291088  normal  0.300021 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0043  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193978  normal  0.0518399 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0030  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000504867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0094  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000513172  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0098  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000169321  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0101  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2806  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.132763  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2713  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000225937  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0247  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.232166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3214  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000106519  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2482  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381628  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41200  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.259841  normal  0.399457 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0047  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0050  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000744732  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2536  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0232654  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2351  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.538678  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1221  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1372  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173514  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2538  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00838842  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2484  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000127815  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3358  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0487179  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0060  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0314851 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2455  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2324  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0059  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0311409 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452524  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>