More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4670 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4670  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  652    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  hitchhiker  0.00186288 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2065  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1142  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1130  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4389  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1223  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 318 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0770  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973031  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1251  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.392675  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 320 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 320 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 320 aa  208  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3898  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 311 aa  205  9e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.522944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2032  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 319 aa  195  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1101  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0099  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0325  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0599  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1244  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 316 aa  149  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 310 aa  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  26.17 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  26.17 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  26.17 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  26.17 
 
 		 301 aa  89  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  26.17 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 300 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 300 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4985  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1724  transcriptional regulator, LysR family  23.93 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.1 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.05 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2194  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0690526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4643  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3228  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.075069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3543  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  24.25 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  20.51 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  24.25 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5195  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4645  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0270127  normal  0.686665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>