94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0061 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  86.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0046  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.255383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0037  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0014  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323389  normal  0.291127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60290  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184905  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60300  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.18805  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0048  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000709091  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t18  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61760  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.486139  hitchhiker  0.00483017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t54  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0869713 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0006  tRNA-Gln  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0004  tRNA-Gln  84 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.164549  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0004  tRNA-Gln  84 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0025  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0028  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t41  tRNA-Gln  82.43 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.821705  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0068  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0493446  normal  0.903824 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0028  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0029  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000654097  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>