200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0028 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0028  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0046  tRNA-Gln  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.255383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0037  tRNA-Gln  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  96.05 
 
 		 75 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  96.05 
 
 		 75 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0048  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000709091  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0015  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.060017  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0050  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000077158  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0035  tRNA-Gln  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000188395  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0017  tRNA-Gln  88.06 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0188037  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna0  tRNA-Gln  89.66 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0045  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0045  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0024  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6019500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0068  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.118963  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0007  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000424664  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0032  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00171845  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0041  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0074  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0041  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.794543  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0074  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0035  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000014299  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0050  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000011016  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0078  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.33097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0018  tRNA-Gln  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000387356  hitchhiker  0.0000000187085 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0106  tRNA-Gln  86.57 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.935113  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0028  tRNA-Gln  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0025  tRNA-Gln  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0049  tRNA-Gln  86.57 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0039  tRNA-Gln  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216834  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>