More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0239 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0239  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 478 aa  969    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0799  ATP-binding region, ATPase-like protein  54.47 
 
 		 493 aa  534  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0355  membrane associated sensor histidine kinase  39.37 
 
 		 479 aa  350  5e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.127376  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00386  putative sensor transduction kinase (copper resistance)  31.47 
 
 		 479 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2713  sensor histidine kinase  31.99 
 
 		 479 aa  234  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.725712  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 		 462 aa  100  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.89546  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0002  ATP-binding region ATPase domain protein  25.69 
 
 		 592 aa  96.3  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0077  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  26.76 
 
 		 509 aa  96.3  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.156508 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2336  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 473 aa  95.5  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1630  putative two-component sensor  27.68 
 
 		 453 aa  95.1  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454347 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6336  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 		 450 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.337613  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1417  ATPase domain-containing protein  24.63 
 
 		 470 aa  93.2  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.110308 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2216  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 		 457 aa  92  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3962  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.6 
 
 		 480 aa  92.4  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179515  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2537  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 		 445 aa  91.3  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0674  sensor histidine kinase  24.26 
 
 		 438 aa  89.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0309  sensor histidine kinase  24.6 
 
 		 438 aa  89  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0851  sensor histidine kinase  24.67 
 
 		 438 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1010  sensor kinase protein  24.67 
 
 		 438 aa  88.6  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0604  sensor histidine kinase  24.6 
 
 		 438 aa  89  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2438  sensor histidine kinase  24.6 
 
 		 438 aa  89  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0052  sensor histidine kinase  24.6 
 
 		 438 aa  89  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0846  sensor histidine kinase  24.6 
 
 		 438 aa  89  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3076  sensor kinase CusS  27 
 
 		 482 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0617  sensor kinase CusS  26.8 
 
 		 482 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00400896  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0588  sensor kinase CusS  26.8 
 
 		 482 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.595932  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2664  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.33 
 
 		 445 aa  87.8  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2347  putative two-component sensor  29.91 
 
 		 443 aa  87.8  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.508121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00531  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with CusR, senses copper ions  26.8 
 
 		 482 aa  87.4  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27800  putative two-component sensor  27.38 
 
 		 443 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.350506 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4056  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 		 467 aa  87.4  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2726  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 		 467 aa  86.7  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3560  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  26.11 
 
 		 444 aa  86.7  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0861327  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2713  histidine kinase  22.56 
 
 		 470 aa  86.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.603584  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00520  hypothetical protein  27.5 
 
 		 475 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2701  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 517 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.64728  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5948  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.59 
 
 		 448 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3986  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.44 
 
 		 467 aa  84.7  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0430  sensor histidine kinase  24.55 
 
 		 501 aa  84.3  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00032493 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0641  sensor histidine kinase  26.83 
 
 		 517 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4688  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 		 487 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.125794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2326  sensor protein yycg  26.21 
 
 		 473 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 		 448 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.953793  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5865  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 		 462 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1292  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 		 495 aa  84  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5981  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 		 515 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0679423 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1352  sensor histidine kinase  25.57 
 
 		 466 aa  83.6  0.000000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0352  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.35 
 
 		 433 aa  83.6  0.000000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.24 
 
 		 458 aa  83.2  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2646  histidine kinase  24 
 
 		 448 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.45 
 
 		 487 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000876727  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2575  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 		 519 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5325  sensor histidine kinase  27.5 
 
 		 444 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769735  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2617  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 		 448 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3015  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.27 
 
 		 470 aa  82.8  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307553 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 		 448 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2166  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 		 455 aa  82  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4664  heavy metal sensor Signal transduction histidine Kinases (STHK)  26.04 
 
 		 454 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0247649  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2202  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.6 
 
 		 467 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1092  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 464 aa  82  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0650  sensor kinase CusS  27.01 
 
 		 482 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2640  sensor histidine kinase  27.83 
 
 		 310 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2068  heavy metal sensor signal transduction histidine Kinases (STHK)  26.58 
 
 		 484 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3992  sensor histidine kinase  25.57 
 
 		 466 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1383  histidine kinase  22.82 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.141813  normal  0.0864721 
 
 
-
 
NC_002936  DET0301  sensory box sensor histidine kinase  26.69 
 
 		 426 aa  80.9  0.00000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1101  sensory box histidine kinase  26.89 
 
 		 537 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0609  Two component system histidine kinase  23.85 
 
 		 416 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4637  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.24 
 
 		 485 aa  80.5  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.337185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1571  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 		 592 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000011549  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3355  histidine kinase  25.91 
 
 		 455 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2623  histidine kinase  27.94 
 
 		 519 aa  80.5  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1092  Signal transduction histidine kinase  23.32 
 
 		 441 aa  80.1  0.00000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.0028584  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4934  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 		 466 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.602259  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0648  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.41 
 
 		 515 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1517  histidine kinase  26.25 
 
 		 439 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0801094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2102  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  24 
 
 		 445 aa  80.1  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2389  heavy metal sensor kinase  24 
 
 		 445 aa  80.1  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0021647  normal  0.121803 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0358  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 482 aa  80.1  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.244366 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0587  sensor kinase CusS  26.33 
 
 		 480 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.807455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5872  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  27.05 
 
 		 485 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.617315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1712  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 		 462 aa  79.7  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484763 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1814  heavy metal sensor kinase  22.7 
 
 		 467 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0588654  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00314  sensory histidine kinase in two-component region  23.97 
 
 		 468 aa  79.3  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4830  two-component regulatory system sensory histidine kinase  26.51 
 
 		 457 aa  79.7  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00276208  normal  0.0320947 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1460  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  24.48 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2766  histidine kinase  24.55 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0989044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3959  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.82 
 
 		 481 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0390859 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1448  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.33 
 
 		 524 aa  79  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0628  sensor histidine kinase  24.05 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45870  putative two-component sensor  25.09 
 
 		 481 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0808  sensor histidine kinase  25.35 
 
 		 523 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3269  histidine kinase  26.04 
 
 		 474 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.86332  normal  0.63748 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0812  sensor histidine kinase  25.35 
 
 		 518 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0483  sensor histidine kinase  24.05 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2670  sensor histidine kinase  25.35 
 
 		 505 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0485  sensor histidine kinase  24.17 
 
 		 416 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0270  sensor histidine kinase  25.35 
 
 		 505 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.258994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0703  sensor histidine kinase  23.75 
 
 		 392 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0449  sensor histidine kinase  27.27 
 
 		 743 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>